欧洲专利组织为其成员国提供了依照统一的程序和实体标准申请专利并获得专利授权的途径。申请人可指定一个、几个或全部成员国，一旦该申请被授予专利权，即可在所有指定国生效，与各指定国依照本国专利法授权的专利具有同等效力。
欧洲专利的有效期为自申请日起２０年。ＥＰＯ仅负责欧洲专利的审查、授权和异议，对于欧洲专利的维持（专利年费５０％上交ＥＰＯ）、行使、保护，以及他人请求宣告欧洲专利无效，均由各指定国依照本国专利法进行。
欧洲专利的申请程序一般包括以下步骤：
（１）提出申请和对专利申请的形式审查：申请人可以英、法、德三种官方语言之一向ＥＰＯ提出申请。
（２）检索请求及检索报告的公布：在提交申请时必须提出检索请求及缴纳检索费。对于主张外国优先权的申请，大约１年内可收到检索报告。
（３）公布专利申请：对于通过《巴黎公约》途径提出的欧洲专利申请，ＥＰＯ将于自优先权日起１８个月内公布专利申请。
（４）提出实质性审查请求：对于通过《巴黎公约》途径提出的欧洲专利申请，申请人应在ＥＰＯ检索报告公布日起６个月内提出实质审查请求，同时需从ＥＰＣ缔约国中指定具体成员国，并交纳审查费和指定费。对于通过ＰＣＴ途径提出的欧洲专利申请，申请人应在提交欧洲专利申请的同时提出实质审查请求，同时需从ＥＰＣ缔约国中指定具体成员国，并缴纳审查费和指定费。如果缴纳７份指定费，ＥＰＣ的全部缔约国都可被指定。但延伸国的指定费需单独交纳。（５）实质性审查：在提出实质审查请求后进入实审程序，申请人通常在提出实审请求后１～３年内收到ＥＰＯ的审查意见。对于每一份申请文件，实质审查部门中相关领域的审查员将组成三人审查小组，该小组由第一审查员、第二审查员和组长组成。
（６）授权、驳回和异议：经上述审查后，如果至少两名成员认为该申请符合ＥＰＣ的要求，则该申请可被授权。如果三人小组考虑驳回该申请，则需告知申请人该申请将被驳回授权决定做出后，异议期为自授权公告日起９个月。
（７）生效：一般在收到授权通知后，申请人就必须决定在指定国名单中选择生效国。
（８）维持：完成在不同国家生效的工作后，申请人则拥有不同国家的专利，他们相互独立，每一件都需缴纳年费。