商标管理是战略性管理，只有从战略管理的高度才能真正做好商标管理，因此设立战略性商标管理部门十分重要。战略性商标管理部门的主要职责包括：制定商标管理的战略性文件，规定商标管理策略方面的最高原则；建立母商标的核心价值与定位，并使之适应公司文化及发展需要；定义商标架构与组织的整体关系，并规划整个商标系统，使公司每一个商标都有明确的角色；商标延伸、提升等问题的解决；商标体验、商标资产评估、商标传播的战略性监控等。
商标战略实施涉及一系列配置资源的过程，而资源配置是在组织的构架内进行的，所以组织的形态将极大地影响到战略实施的成败。一个得力的组织不仅能够完成艰巨的战略任务，甚至能够通过出色的执行产生意料不到的效果，而一个软弱的组织不仅会使得预定目标大打折扣，甚至还会因为各种莫名其妙的原因自己打垮自己。
商标管理组织的设计需要从三个方面着手：第一是治理结构，必须形成董事会层面的商标管理机制。董事会要充分重视商标的战略意义，应该对商标价值负责并指导商标战略的关键决策；在董事会的内部组成上应该增设“商标资产董事”这样的功能职位，通过切实负责的方式来防止商标资产流失，以至有形资产流失。第二是组织结构，必须让组织的整体结构能够有效地响应商标战略的需要。既要考虑公司的业务要求，也要考虑商标战略的要求。一线营销部门要把商标建设作为重要的战略目标，营销与商标建设融为一体。
第三是不仅要建立强有力的商标管理部门，更应要求其他的功能部门都能够以商标为导向。商标是属于全公司的，无疑需要每个部门全体员工的合作，只有“公司运营商标化”才能最终保证商标战略的贯彻和落实，“公司运营商标化”需要最高管理层亲自推动、协调和支持以确保商标管理功能负有实责以及享有权威。另外商标管理部门也应该参与最高层的决策以确保所有决策能够考虑到对商标的影响：战略计划是否基于对商标的深刻理解？短期决策是否考虑到创建商标的长期目标？除此之外由于商标战略管理所涉及的领域很广，商标管理部门在日常工作中不可避免与其他功能管理部门有着大量、频繁和深入的联系，这些联系对商标建设和商标价值都有不可忽视的影响，理应得到支持。