任何商业上的合伙关系都承担一定程度的风险。而商标联合涉及两个乃至多个商标成员，其复杂程度自然非同一般。企业经营者在意识到商标联合具有巨大的利益相关性的同时，必须小心警惕联合不当所产生的重大风险：如果商标联合运作得当，可以达到双赢的效果，但是如果运作不当，合作伙伴的一方或者双方都将会遭受恶果，甚至是无辜地受到对方过失的牵连。
１．合作对象选择不合适，影响企业利益
当合作的一方发现商标联合的行动不能达到他的财务计划或其他目标时，就存在着仓促终止协议的可能，这样会为另一方造成尴尬和困难的局面，使他们必须独自应对失望的客户，这种损失远远高于销售减少本身的损失。
另外，文化差异带来摩擦与冲突。企业都有其个性特点，可能处于不同的人文环境，拥有独特的企业文化，而其他企业的个性并不总能适合自己心意。商标联合成员之间的工作态度和价值观可能大不一样，不能低估这种分歧在合作中造成摩擦的潜在可能。
２．联合的动机及利益的冲突
与商标联合相关的最大风险就是过分关切商标联合表面上能够提供的即刻的金钱回报。应充分认识到商标联合是对商标价值长期增长有益的，如果为了短期利益实施冒险行为，或者不顾可持续发展原则，把现有的信誉转化为现金，对商标联合来说是致命的。
联合的过程中，联合各方所承担的费用有时难以划定，利益冲突使相互间的关系较难处理。
３．合作一方丧失了其商标特征的独有性
商标联合行动可能致使合作的某一商标的排他使用权受到淡化或被别人分享。有特色的商标、器具、色彩组合、包装形状、广告主题和口号或者其他“市场指标”都不应该被低估，应该妥善地加以控制并只许可在商标联合的活动中使用，只许以商标所有者规定的方式使用。另外，如果合作的一方决定改变其商标在市场的定位或战略，将可能成为商标联合所要面对的重大问题。