开展知识产权行政保护和司法保护的绩效研究，是将行政机关和司法机关在知识产权保护领域的行为效能以绩效评价为研究工具展开分析，论证这两类机关对不同类型的知识产权保护的效果，以及知识产权发展状况与行政保护和司法保护之间的辩证关系。但这两类相互独立的组织系统，在知识产权保护方面的方法和性质完全不同，行政机关主要是通过行政执法手段对侵犯知识产权的行为予以打击，从而达到保护知识产权的目的;而司法机关的保护主要是通过司法审判，对涉及知识产权的民事、行政、刑事案件予以裁判并付诸执行的方式，实现对知识产权的保护。此外，在国家知识产权战略体系中，行政保护与司法保护所承担的职责也不同，司法保护是知识产权保护的主渠道。这些因素都造成知识产权绩效评价指标体系的结构必然具有相当的复杂性，但是“构建公共部门绩效评价指标体系的一个重要出发点就是把公共部门绩效所涉及的所有领域的复杂关系简单化，用综合的评价指标获取尽可能多的评价信息，为把握和了解公共部门绩效现状提供科学的测量依据”。
为了把知识产权行政保护和司法保护绩效指标的复杂结构简洁化，同时确保绩效评价的全面性和客观性，本课题在设计知识产权行政保护与司法保护绩效评价指标体系以及相应配套的评价方法时，需遵循以下原则:
(一)按统一框架设计两套指标
面对行政保护或司法保护这两种截然不同的保护手段，如何找到恰当合适的参数来反映这两种保护手段效能的指标，是绩效评价指标体系构建的一大难点，如果无法找到一个统一维度的评价指标，就无法将这两种不同的保护手段进行比较，得出的绩效评价结果就只能是行政机关或司法机关在知识产权保护方面各自的效能情况，本课题的目的之一———“从类型化角度分析不同种类知识产权到底适合何种保护模式”就无法实现。因此，所设置的指标务必能够从一致的视角，以较为统一的维度对行政保护和司法保护这两种行为的效能进行考量。但另一方面，这些评价指标也不能太宽泛，因为本课题的研究对象是知识产权行政保护行为和司法保护行为，而非我国的知识产权保护总体状况。因此，绩效评价指标的设置还要充分考虑这两类机关在我国知识产权保护框架体系中的特点和位置，要能够反应出行政保护手段和司法保护手段各自的特点，确保绩效评价结论有针对性，从而实现本课题的另一目标———“分析行政保护和司法保护所起的作用的差异，以及如何实现知识产权行政保护与司法保护程序的合理衔接”。
我国知识产权保护是以司法保护为主导，行政保护同时发挥作用的双轨制保护体制。司法机关和行政机关在知识产权保护方面，处于不同的环节，运用不同的手段，发挥不同的作用。一般而言，行政保护包括:行政授权、行政确权、行政处理、行政查处、行政救济、行政处分、行政法制监督、行政服务等手段;司法保护包括:诉讼、执行、临时措施、行政合法性审查等手段。除了保护权利人的利益、促进技术创新及经济增长以及推进知识产权文化发展这些共同的知识产权保护价值目标外，基于在知识产权保护管理中的不同职能，行政机关和司法机关对知识产权保护的价值诉求也有所差异。根据国家知识产权战略纲要对行政机关和司法机关所赋予的不同使命，我们可以概括出:行政保护追求的价值目标是“知识产权行政管理能力得到提升，保护状况得到显著改善”;而司法保护追求的价值目标是“司法保护成为知识产权保护的主渠道，权利人的维权成本得到降低”。因此，如果只用同一套指标来评价这两类不同机关的绩效，势必会有所偏颇，无法得出客观的评价，又或者过于概括笼统，无法得出有针对性的评价结论。所以在知识产权保护绩效评价研究上，就应该按照统一的视角和方法，在较为统一的绩效评价体系框架下分别设计两套绩效评价指标，有针对性地反映出这两类机关在保护知识产权时的行为效能。
(二)密切结合国家知识产权战略
党的十七大报告明确提出“实施知识产权战略”，国务院于2008年颁布了《国家知识产权战略纲要》。在此背景下对知识产权行政保护或者司法保护展开绩效评价研究，就必须密切结合国家知识产权战略。一方面是因为国家知识产权战略明确界定了知识产权司法保护和行政保护的角色和职责，对司法机关或行政机关设置绩效评价指标就应该结合他们各自的角色职责和使命;另一方面国家知识产权战略是指引行政机关和司法机关实施知识产权保护行为的纲领，行政机关或司法机关的知识产权保护行为都离不开战略纲要的指引，如果背离或忽略了国家知识产权战略纲要实施这个环境，就无法有针对性地对行政机关或司法机关进行评价。所以，在开展对行政机关或司法机关知识产权保护的绩效评价研究时，必须密切结合国家知识产权战略纲要，充分反映绩效评价指标与国家知识产权战略之间的关联关系。
(三)绩效评价指标要保证开放性和灵活性
“从管理学的角度看，绩效是组织期望的结果，是组织为实现其目标而展现在不同层面上的有效输出”，而组织的目标实现，尤其是战略性目标的实现，往往需要多个因素，多个环节，历经多个发展阶段才能达成。因此，绩效评价指标体系的设计要充分地体现开放性和灵活性，这一方面既是成熟的绩效评价研究工作内在要求，另一方面也是为了适应知识产权行政保护和司法保护行为复杂性的外部要求。为了实现绩效评价指标体系的开放性和灵活性，就要求在相对稳定的绩效评价指标体系框架内，将具体的指标项设置为可以根据不同的考核目标灵活组合起来的指标组，每一组指标组合起来就能够完整地反应被考核对象的绩效结果。当然，指标组的组合要严格按照绩效评价指标体系所确定的逻辑结构。在此前提下，可以根据被考核对象不同的工作要点或工作任务，增、删、修正具体的指标项，使得整个绩效评价指标体系具有充足的开放性和灵活性。
(四)绩效评价指标设置要具备规范性
本课题作为以外部视角为切入点而展开的组织行为绩效研究，在绩效评价指标体系构建过程中必须尽可能地追求绩效评价指标体系内在逻辑结构的严密性和规范性，这是保证绩效评价结论客观性和科学性的前提。在设计规范的绩效评价指标时，一般需要满足以下要求:
第一，绩效评价指标体系的构建要基于一定的绩效理论。绩效评价本身就是一项实践性很强的研究工作，具体到本课题的研究更呈现评价对象及被评价行为的复杂性，如果缺乏成熟的绩效管理理论支撑，绩效评价指标体系的搭建就无法实现系统性和逻辑性，整个绩效评价研究工作都将难以开展。
第二，绩效评价指标设置坚持以定量为主，定性为辅。可定量化的指标更具有客观性和说服力，更能够保证绩效评价结论的科学性和准确性。但行政机关和司法机关这些公共部门的组织行为，很难像营利性机构那样以容易量化的财务或业务数据作为考核指标，因此，还需要辅以定性指标。
第三，考核数据来源可靠，数据提取简便。在以量化指标为主的绩效评价指标体系运行时，考核数据来源的可靠性就成为绩效评价指标体系能否成功运作的关键，因此所有的考核数据或数据计算方法都要保证有可靠的来源。同时作为外部机构开展的评估研究工作，考核数据来源常常是困扰研究者的一个难题，因此，考核数据的提取需要坚持简便易行、易于操作的原则。
第四，绩效评价指标的目标实现要有一定的困难度。绩效评价的结论不能只是对现实状况的简单反映，否则就不能反映出知识产权行政保护和司法保护现状的不足或需要改进之处。因此，实现绩效评价指标既定的目标需要有一定的困难度，体现对考核对象行为的挑战。