在商标权方面主要存在的差距是不利于保护民族产业、有不合时宜的限制，具体表现在：
１．对人用药品强制使用注册商标规定，把商标管理与质量管理的关系混淆了，使一些药品因商标没有注册而无法及时投入市场，妨碍了企业的发展；烟草品也存在着类似的情况。实际上，强调注册制度在国外已经极为少见，应考虑取消。
２．现行《商标法》不允许私权利共存，对主体也限制过严，这使得一些民事权利人的利益得不到保护，一些纠纷无法得到公正的解决。因此，应遵循国际通例，取消对主体的不必要限制，《ＴＲＩＰＳ协议》规定的引言中明确提出“承认知识产权为私权”的基本原则。对于自然人应该享有的这样一种私权，是不应该剥夺的，允许一定条件下的商标权利共存。我国现行商标法将商标注册人的范围限制在“企业、事业单位和个体工商业者”，实质上是限制了自然人作为商标权的权利主体。而实践中，这种限制仅适用于国内的自然人，对于国外的自然人是不公平的。随着我国社会主义市场经济的发展，自然人从事的经营活动有许多是不需要进行营业登记的。对于商标权主体的这一限制，已经不适应形势发展的要求。商标权作为知识产权的一种，本质上是一种民事权利，是一种私权。我国商标法的这种规定不仅有悖于《ＴＲＩＰＳ协议》的基本原则，也与世界上绝大多数国家的商标法和有关国际公约都是允许自然人作为商标权主体的国际惯例不符。
３．我国商标法和实施细则中并没有对驰名商标的保护作出明确的规定。在商标法修改时应规定，相同或者类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人未在中国注册的驰名商标，容易导致混淆的，不予以注册并禁止使用，就不相同或者不相类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人已经在中国注册的驰名商标，误导公众，致使该驰名商标所有人的利益可能受到损害的，不予注册并禁止使用。此外，根据《ＴＲＩＰＳ协议》第１６条第２款明确规定：“确认驰名商标应顾及有关公众对其知晓程度，包括在该成员地域内因宣传该商标而使公众知晓的程度”。对驰名商标的确定标准应当从立法上予以明确。
４．未明确规定禁止代理人或者代表人恶意注册他人商标对于代理人或者代表人未经商标所有人授权而以自己的名义注册该商标的行为。建议应该禁止注册，并禁止其使用，这在巴黎公约第６条第７款中早有明确规定。在我国现行商标法和实施细则中无此规定。
５．未明确规定优先权原则。优先权原则是知识产权保护的一项基本原则，所谓商标申请优先权，是商标注册申请人自其商标在外国第一次提出商标注册申请之日起６个月内，又在中国以同一商标提出商标注册申请的，依照该外国同中国签订的协议或者共同参加的国际条约，或者按照相互承认优先权的原则可以享有优先权；依照前款要求优先权的，应当在提出商标注册申请的时候提出书面声明，并且在３个月内提交第一次提出商标注册申请文件的副本；未提出书面声明或者逾期未提交商标注册申请文件副本的，视为未要求优先权。优先权的规定最早见于《巴黎公约》第４条，也得到了《ＴＲＩＰＳ协议》的肯定。我国虽已执行了这一原则，但并没有在商标法中明确规定。
６．《ＴＲＩＰＳ协议》第５０条对“临时措施”作出了明确规定，我国２００１年７月１日起实施的修改后的专利法已对临时措施做了规定。商标法应当就此做出规定。商标专用权人或者利害关系人有证据证明他人在实施侵犯其注册商标专用权的行为，如不及时制止，将会使其合法权益受到难以弥补的损害，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为、财产保全措施，以及证据保全等临时措施。
除了上面我们谈到的情况外，我们在各类知识产权的保护内容和保护水平上还存在着不同程度的差距，这其中包括，到目前为止没有对集成电路布图设计提供专利的法律保护。对地理标志的保护几乎是空白，《ＴＲＩＰＳ协议》特别强调对葡萄酒、白酒地理标志的补充保护，因为酒类商品的特质往往取决于酿造它的地域水质、土质、气候的地理环境及酿造人的技术，因此酒类地理标志的保护有着特别的重要性。再如，《ＴＲＩＰＳ协议》特别强调了对“未披露过的信息的保护”，明确地规定了商业秘密的保护条件：一是在一定意义上，其属于秘密，即该信息作为整体或作为其中内容的确切组合，并非通常从事有关该信息工作之邻域的人们所普遍了解或容易获得的；二是因属于秘密而具有商业价值；三是合法控制该信息的人为保密已经根据有关情况采取了合理措施。这些规定和有的在实践中已经被我们的审判活动运用，但是在法律上至今尚无明确的规定。