《ＴＲＩＰＳ协议》对成员有三种要求：一是基本原则，这是全体成员必须遵守的；二是最低要求，这是全体成员必须达到的；三是一般要求，这是可以根据各成员的具体情况选择适用的。因此，这里所说的我国知识产权法律保护制度与《ＴＲＩＰＳ协议》存在的主要差距，是针对《ＴＲＩＰＳ协议》的基本原则和最低要求而言的。基本原则方面，差距不大，最低要求方面，差距主要体现在以下几个方面：
（一）缺少司法审查和监督
对部分有关知识产权的行政终局决定，缺乏必要的司法审查和监督，这个主要体现在商标法中（新的专利法已经对不能提起诉讼的行政裁决作了修改）。
我国商标法规定不能向法院提起诉讼的行政行为有：（１）商标评审委员会对驳回申请、不予公告和对异议的裁定进行复审所作出的裁定；（２）商标评审委员会对商标局驳回转让、续展注册申请进行复审所作出的决定；（３）商标评审委员会作出的维持或撤销注册商标的裁定。
２０００年８月２５日由第九届全国人民代表大会常务委员会第十七次会议通过了对现行专利法的修改，并公布自２００１年７月１日起实施。新专利法除修改了原来不能提起诉讼的两种行政终局裁决的情况外，还明确增加了四项可以提起诉讼的新规定（在后面还要具体谈到）。这些新规定不仅是对《ＴＲＩＰＳ协议》关于专利行政决定接受司法审查要求的贯彻，而且有了新的发展。但是，这些规定在司法审判和行政执法以及二者的协调上需要进一步探讨和明确其中的含义和具体的操作办法。
（二）对权利限制过多
对知识产权权利人的权利限制过多、过宽，不合理地损害了权利人的合法权益，这方面问题主要体现在著作权法和商标法中，现行著作权法和商标法正在修订之中，２０００年１２月２６日全国人大常委会发布了著作权法修正案；商标法的修改也几易其稿，修改意见主要体现在如下方面：
对著作权权利的限制，对著作权的限制是指某些情况下使用他人作品可以不经著作权人许可，不付报酬的例外规定，称为合理使用；某些情况下使用他人作品可以不经著作权人许可，但是要按照规定支付报酬的例外规定，称为非自愿许可。从法理上讲，著作权同其他民事权利一样，是一种绝对权，也就是说，不经权利人许可，不得使用受著作权法保护的作品。从著作权是绝对权的角度出发，即使非自愿许可制度已经照顾到作者的经济利益，也是对著作权的限制。特别是合理使用制度，完全限制了权利人的权利，属于限制种类中最严格的《ＴＲＩＰＳ协议》第１３条明确规定，全体成员国均应将专有权的限制或例外局限于一不定期特例中，该特例应不与作品的正常利用冲突，也不应不合理地损害权利持有人的合法利益。无独有偶，《伯尔尼公约》第９条第（２）款以及１９９６年１２月２０日通过的《世界知识产权组织版权条约》第１０条和《世界知识产权组织表演和录音制品条约》第１６条的规定几乎完全相同。根据这一规定，缔约方的著作权立法中的限制规定是否合理，应根据三步检验标准：第一，必须限于某些特殊情况；第二，不得与受保护的作品或者客体的正常利用相抵触；第三，无论如何不得损害作者的合法利益。关于三步检验标准适用的范围，世界知识产权组织指出：适用于任何限制，甚至对保留一类的限制均不得超出三步检验标准规定的限度。我国在这方面存在的问题是：
１．在合理使用方面，我国著作权法尤其在免费表演已发表的作品方面、将汉族文字作品翻译成少数民族文字作品方面、在广播电视组织广播录音制品方面，都与国际公约直接冲突。特别是《著作权法》第４３条规定广播电台、电视台可以无偿地广播已经出版的录音制品，是对著作权的极大限制，已经大大超出了《ＴＲＩＰＳ协议》等国际条约允许的范围，极大地损害了权利人的利益。其实，国际条约并非不允许对播放权进行限制，但是至少要保证著作权人有获得报酬权。
２．在非自愿许可方面，我国著作权法关于报刊转载、公开表演的非自愿许可限制性规定是公约不允许的。我国著作权法规定，广播电视组织利用他人作品制作广播电视节目，适用非自愿许可制度，而公约规定，不是制作节目适用非自愿许可制度，而是广播他人作品才可适用非自愿许可制度。
３．在邻接权方面，《ＴＲＩＰＳ协议》第１４条第３款规定：广播组织应享有权利禁止未经其许可而为的下列行为：将其广播以无线方式重播，将其广播固定，将已固定的内容复制，以及通过同样方式将其电视广播向公众传播如果某些成员不授予广播组织上述权利，则应依照《伯尔尼公约》１９７１年文本，使对有关广播之内容享有版权之人，有可能制止上述行为。这里规定得十分明确，广播组织享有权利不是基于其制作节目，而是基于其播出的广播节目，且该节目不一定就是播出的广播组织制作。我国《著作权法》第４２条为广播组织规定了邻接权，但是基于广播组织制作的节目。从广播节目的性质来看，其中有很多属于类似电影作品的视听作品。电影和视听作品本身就有著作权，是不同于邻接权同视听作品制作人享有的著作权。关于表演者和录音制品制作者的权利，ＴＲＩＰＳ第１４条第１款规定：对于将表演者的表演固定于录音制品的情况，表演者应有可能制止未经其许可而为的下列行为：对其尚未固定的表演加以固定，以及将已经固定的内容加以复制。表演者还应有可能制止未经其许可而为的下列行为：以无线方式向公众广播其现场表演，向公众传播其现场表演。第２款规定：录音制品制作者应享有权利许可或禁止对其制品的直接或者间接复制。第４款，第１１条有关计算机程序出租权的规定，原则上适用于录音制品制作者。第６款规定：《伯尔尼公约》１９７１年文本第１８条应在原则上适用于表演者及录音制品制作者权。将以上这些规定对照我国著作权缺少邻接权人规定的权利，为表演者规定的权利上缺少复制权，为录音制作者规定的权利法为邻接权人规定的权利，为表演者规定的权利缺少复制权，为录音制作者规定的权利缺少间接复制权和录音制品的出租权。
４．在计算机软件的保护方面存在着：保护期限比《ＴＲＩＰＳ协议》短（《ＴＲＩＰＳ协议》规定为５０年，我国《软件条例》为２５年）；对软件的作者权利没有相关的规定；软件应当享有一般作品的某些权利，如游戏软件的表演权、软件在互联网上的广播权以及软件的出租权等；在权利限制方面，国家机关是软件的最大用户，但法律规定可以无偿使用，这是不合理的。
（三）关于知识产权的执法问题
《ＴＲＩＰＳ协议》关于知识产权的执法，对执法程序作了比较详细的规定。有些规定是我国法律所没有的，如对被告的赔偿问题；有的规定是散见于其它部门法律中，而我们的法官和学术界对这些规定的理解上还有一定的分歧，需要重新审视和确定，如知识产权的请求权、即发侵权、临时措施等问题，有的虽有规定但很笼统或不合时宜，需要进一步修改法律或对司法解释加以完善，如知识产权的审判程序中的证据制度问题等。