一是对知识产权案件实行相对集中管辖和对部分案件的指定管辖。全国有４００余个中级人民法院和３０００多个基层人民法院。为了保证案件审理质量和效率，也为了有利于培养专业法官、积累审判经验和强化工作指导，从２０００年起，全国法院逐步对普通知识产权案件实行相对集中管辖，一般由中级以上法院负责受理知识产权民事一审案件，２００３年由中级以上法院审理的一审案件已经达到８４７６％。
根据知识产权保护的新形势和知识产权审判工作发展的新要求，人民法院适时扩大管辖法院范围，不断改进审判工作机制，增强知识产权审判工作活力。目前全国具有专利、植物新品种和集成电路布图设计案件管辖权的中级人民法院分别为６２个、３８个和４３个，同时根据工作需要批准了１７个基层人民法院审理部分知识产权民事案件，布局比较合理，审判力量明显壮大。
二是完善诉前临时措施制度。新修订的专利法、商标法和著作权法等都明确规定了诉前责令停止侵权行为（临时禁令）措施，商标法和著作权法的修订还规定了诉前证据保全措施。为正确适用法律规定的新措施，司法解释对申请人的资格、管辖和受理、证据提交、担保、裁定时限和内容、复议申请的审查、禁令解除、申请错误赔偿、禁令有效期和违反禁令的责任等一系列具体问题做出了规定，对专利侵权案件中的诉前证据保全制度予以补充，还明确了集成电路布图设计案件的诉前禁令制度，并进一步完善了诉前财产保全制度。
三是完善知识产权侵权民事责任制度。相关司法解释对计算机网络服务提供者，时事新闻传播报道者，报刊网络已发表作品转载者、出版者，计算机软件用户等应当承担的法律责任合理予以界定；规定了对权利人因侵权受损、侵权人因侵权获利或违法所得、参照许可费和定额赔偿等损害赔偿计算依据的具体计算方法和考虑因素，明确了权利人为制止侵权行为的合理开支的范围，符合国家有关部门规定的律师费用也可以被计算在赔偿范围之内。
最高人民法院有关司法解释对认定驰名商标的主体，认定的标准、效力，以及对侵犯驰名商标法律责任的追究等作出更具体的解释，设置了人民法院认定驰名商标的审判机制。２００６年最高人民法院又设立了驰名商标司法认定的备案制度。
四是完善知识产权诉讼证据规则。著作权司法解释明确了认定权利人和利害关系人的证据范围和认定规则，对所谓的“陷阱”取证等证据取得方式的合法性予以澄清。有关民事诉讼和行政诉讼证据规则司法解释的发布实施，完善了举证责任分配规则，明确了法院调查收集证据的范围和条件，解释了“新的证据”的含义，规范了举证时限问题，进一步明确诉讼证明要求和证明标准，完善了法官依法独立审查判断证据的原则，明确了非法证据的判断标准，建立了申请具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明的诉讼辅助人制度。
根据最高人民法院的有关规定，知识产权诉讼案件的技术鉴定也纳入了人民法院统一司法鉴定制度范畴。最高人民法院还通过审判研究如何进一步完善证据规则，如在（美国）伊莱利利公司诉江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案中明确：被告以自己商业秘密进行抗辩的证据也必须经过庭审质证才能作为定案的依据。