由于知识产权案件的特殊性，不同审判庭可能受理同一侵权案件，由于不同审判庭秉持各自的价值取向和利益分配机制，难免会出现裁判结果不一致的结果，影响法律的权威性。因此，这种法院内部以及外部长效沟通机制的欠缺，使得审判庭在案件审理中可能在裁判尺度的把握上出现偏差，难以保证案件审理结果的公平公正。
一方面，法院内部各审判庭之间缺乏必要的沟通机制，尤其在知识产权案件审理过程中，这一机制尤为重要。知识产权案件涉及民事诉讼、行政诉讼和刑事诉讼，同一违法事实可能会由不同审判组织审理，这时各审判组织之间的沟通就非常必要，避免由于审判人员认识差异导致案件审理结果的相互矛盾。当前，在我国大部分法院知识产权审判组织中，案件的交流与沟通多局限于审判庭内部，不同审判庭之间并未建立长效沟通机制，对于知识产权案件难以统一把握裁判尺度，不仅不利于案件的公正审理，而且造成诉讼效率较低，尤其在知识产权刑事案件中，这一问题更为突出。根据现有管辖规则，知识产权刑事案件原则上由基层人民法院审理（民事案件原则上由中级人民法院审理），由于此类刑事案件相对较少④，基层法院法官在办案经验上不如民事法官丰富，而且刑事案件的证明标准和证据规则较之于民事案件更为严格，因此在案件审理过程中，尤其是涉及技术性案件，缺乏自主判断能力，案件核心内容只能依靠司法鉴定结论定案，难以保证审理结果的公平公正。另外，受理知识产权刑事案件基层法院和受理知识产权民事案件的中级人民法院之间就案件审理情况同样缺乏必要的沟通机制，两者依据各自掌握的事实材料、运用不同的证明标准对案件做出裁判，不仅无益于当事人的权利保障，还会影响到人民法院的权威。
另一方面，知识产权的确权和维权，自然将知识产权司法审判部门与行政执法部门紧密联系，但是目前两者之间尚未建立长期有效的沟通机制。在三种重要的知识产权权利中，除著作权采取较高的自动保护标准①之外，专利权和商标权都需要通过法定的确权程序向相关行政部门提出申请以后，才能够得到法律的认可。在知识产权确权过程中，我国立法赋予申请人在收到确权机关驳回申请的通知后，可以依行政诉讼法相关规定，以做出驳回决定的该行政机关为被告提起行政诉讼，获得司法救济。同时，在我国知识产权权利救济体系中，行政处罚乃至行政诉讼都涉及知识产权行政执法部门，也关乎权利人的切实利益。当事人对行政部门做出的关于侵权行为的裁定不服的，同样可以以该行政部门为被告提起行政诉讼，以保障其合法权益。上述两种情况，既涉及知识产权司法审判部门，又涉及行政执法部门，二者可能针对的是同一知识产权违法事实，既面临行政处罚，又涉及民事责任，倘若双方无法适用统一的裁判标准，则必然会做出不一致的判决和裁定。当前，我国各中高级人民法院行使知识产权案件司法审判职权，各级知识产权行政执法部门行使行政管理职权，基本处于各司其职的独立状态，审判机构与行政管理机构尚未建立长效沟通机制，部门界限的存在可能会影响裁判结果的公信力。