由于《暂行规定》将驰名商标认定主体规定为商标局，所以认定驰名商标一直以来被误认为是国家商标局专属的权限。修改前的商标法虽然规定了驰名商标认定的标准，却未明确规定认定的主体。而ＴＲＩＰＳ协议第四十一条、第六十二条均规定任何程序中的行政终局决定，均应由司法机关或准司法机关审查，可见司法审查和司法终决是ＴＲＩＰＳ协议的一条重要原则。
其实，对驰名商标的认定，是对一个事实状态作出的判断，不是行政机关的授权或登记注册。人民法院依法对法律事实或事件进行判断和认定，是代表国家行使审判权，人民法院作出的裁判具有终局性。审判实践中也不乏法院根据实际情况认定注册商标为驰名商标的案件，如四川省高级人民法院就作出了全国首例认定“郎酒”为驰名商标的判决。
２００２年１０月１２日，最高人民法院出台的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》结束了理论界和实务界关于驰名商标认定主体的争论。该司法解释明确规定，法院在审理商标纠纷案件中，根据当事人的请求和案件的具体情况，可以对涉及的注册商标是否驰名作出认定。这为法院作为认定驰名商标的终局裁判机关提供了明确的法律依据，也是与ＴＲＩＰＳ协议的精神一致的。