我国台湾地区法院系统长期以来施行公私分立的司法制度，平行分设普通法院系统和行政法院系统。普通法院审理民事和刑事案件，实行“地方法院”“高等法院”“最高法院”三审终审。行政法院审理行政案件，实行“高等行政法院”“最高行政法院”二审终审。在司法二元体制下，所有与知识产权相关的行政案件由行政法院审理，其他与知识产权相关的民事和刑事案件一律交由普通法院的知识产权庭审理。公私分立的司法制度，旨在强化公权力案件的垂直审理，实现行政案件审理的公平公正。但是，就知识产权案件而言，较之于一般案件更具有专业性和复杂性，其涉及的不仅仅是法学问题，多数知识产权案件，尤其是专利纠纷，涉及更多的是专业技术问题，仅具有法学背景的一般法官难以胜任。再者，知识产权法自身兼具实体法和程序法双重特点，在诉讼过程中提出的一些诉求，如商标权的撤销、专利权的宣告无效等，需要行政部门的认定，如此一来相关行政诉讼必然牵涉其中，造成审理权限分散，以致拖延案件审理周期，影响知识产权民事或刑事案件的审理，其弊端不言而喻。
２００２年１月１日，我国台湾地区以“单独关税区”的名义成为世界贸易组织的正式成员。我国台湾地区的知识产权制度虽然在加入世界贸易组织之前做了许多重大调整变动，基本上达到与ＴＲＰＩＳ协议标准相一致。但是，由于ＴＲＰＩＳ协议所规范的只是“与贸易有关”的知识产权，在国际上除了ＴＲＰＩＳ协议之外，还有大量的“与贸易无关”的知识产权国际公约，例如《专利法条约》（ＰＬＴ）、《商标法条约》（ＴＬＴ）等国际公约，以及世界知识产权组织（简称ＷＩＰＯ）所辖的国际公约，这些规范的内容较ＴＲＰＩＳ协议更全面、更具体③，加之知识产权理论发展日新月异，常常要跟随国际潮流，需要掌握国外相关规定以及最新的有争议判决，因此近年来，一方面为了配合知识产权国际发展趋势，另一方面为了应对外来压力（主要是美国），我国台湾地区知识产权制度每一两年就会稍作调整。近年来，面临高科技的运用，台湾知识产权制度的内容日臻丰富，“营业秘密法”“积体电路布局保护法”以及“公平交易法”逐步纳入知识产权体系之中。
为了适应加入世界贸易组织以后知识产权事务日益增长的社会现实，满足本地区经济贸易发展的需要，我国台湾地区开始进行大规模的知识产权司法制度改革，其知识产权司法制度经历了从“专庭”到“专股”，再到“智慧财产法院”的变革，进而实现了公私二元诉讼体制下法院制度的重大突破，自此具有我国台湾地区特色的知识产权司法制度开始运转起来。此次变革在知识产权范围内彻底改变了原有的司法二元制，设立专门的“智慧财产法院”同时受理知识产权民事、刑事、行政案件，从而缩短案件审理时间，这种“三位一体”的审判新制为提高司法审判效率、切实保障知识产权做出了有益的尝试。经过积极反复的论证和探索，中国台湾地区知识产权司法制度最终由“二元制”过渡到“三位一体制”，实现了司法制度的重大变革，成为亚洲第四个单独设立知识产权法院的地区。经过几十年的规制，如今中国台湾地区尊重知识产权蔚然成风，行业自律形成强大约束力，知识产权侵权行为得到有效的遏制。