在知识产权诉讼过程中，经常会出现被控侵权人提出宣告原告相关专利权、商标权无效的请求，以洗脱侵权嫌疑。侵权行为认定以权利的有效性为前提，一旦相关权利被确认无效，自然涉及不到侵权行为。根据我国相关规定，法院只能对是否构成侵权行为做出判断，无权认定权利是否有效（申请人应当向确权行政部门提出申请，如专利复审委员会或者商标评审委员会），因此一旦遇到这一情况，相应诉讼程序只能中止，待知识产权确权部门做出裁决之后，案件重新恢复审理，而且确权部门的裁决对于法院最终的判决起到了决定性的作用。如果当事人对知识产权确权部门做出裁决不服的，还可以向知识产权法院提起诉讼，如此一来，走完全部程序可能需要花费几年时间，诉讼程序冗长导致的诉讼成本过高一直为司法实践所诟病。在武汉晶源环境工程有限公司诉日本富士化水工业株式会社等侵犯发明专利权纠纷案中，原告武汉晶源环境工程有限公司２００１年９月向福建省高级人民法院提起诉讼，其间历经一次司法鉴定、两次行政诉讼，最终于２００９年１２月２１日拿到了最高人民法院做出终审胜诉判决书，距离其起诉时间已经过去了８年多。姑且不去计算此次诉讼所耗费的成本和精力，原告武汉晶源环境工程有限公司享有该专利权的时间仅２０年，扣除掉专利申请时间和诉讼时间，其专利寿命所剩无几，赖以生存的市场也在旷日持久的诉讼中消耗折损。
为了解决上述问题，对于知识产权民事和行政交叉案件，最高院已经通过司法解释的方式在提高诉讼效率方面进行了积极探索。２０１６年３月２２日，最高人民法院发布《关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释（二）》（简称《解释二》，自２０１６年４月１日起施行），《解释二》第２条设计了“先行裁驳、另行起诉”的制度，即在专利复审委员会做出宣告专利权无效的决定后，审理专利侵权纠纷案件的法院可以裁定“驳回起诉”，无须等待行政诉讼的最终结果，并通过“另行起诉”给权利人以司法救济途径。上述制度的实施，可以有效提高民行交叉案件的审理效率，不仅可以缩减诉讼周期、节约诉讼成本①，实现司法资源的合理有效配置，更为关键的是，权利人的根本利益可以得到更好的保障。当然，专利纠纷先行裁决制度只是针对民事和行政交叉案件提高诉讼效率提出的权宜之计，如果最终专利复审委员会做出宣告专利权无效的决定后，专利权人选择提起行政诉讼，同样要经历二审终审，甚至诉至最高人民法院，待最终结果尘埃落定，权利人仍可通过“另行起诉”方式予以维权，此时纠纷所历经的实际程序并未减少，因此专利纠纷先行裁决制度并不能从根本上解决知识产权民行交叉案件诉讼程序冗长、诉讼效率低下、诉讼成本过高的问题。当前，我国已经成立知识产权法院，根据其实施情况，未来这一专门法院可能推广至我国其他区域，知识产权案件裁判的专业水准也逐步得到提升，在这一背景下，我国可以参考国际经验，允许知识产权法院在审理民行交叉案件时对权利的有效性做出独立判断①，并以此为基础进行案件审理，这是解决上述问题的根本之道。另外，简化确权司法程序（变二审终审为一审终审）也可以适用于知识产权民行交叉案件，在国际上也具备较为成熟的实践经验②，在我国知识产权司法体制改革过程中同样可以先行试点，在试点经验基础上再予以综合考量，毕竟司法体制改革不能一蹴而就，也不是一朝一夕可以完成的，借鉴、突破和创新才是改革之道。