知识产权的确权与维权，将司法部门与行政部门紧密相连，一方面知识产权侵权行为的认定需要以国务院知识产权行政部门的确权决定为基础，另一方面行政救济对于维护良好的知识产权保护环境更具有现实意义。根据我国相关立法，专利权和商标权都要通过法定确权程序才能获得法律救济，鉴于确权工作具有较强的专业性，为了保证知识产权（指专利权和商标权）确权工作的统一性，国家商标局和国家知识产权局是唯一对商标权和专利权予以确认的合法机构。如果在侵权诉讼中，被控侵权人提出申请原告涉案专利权或商标权无效，诉讼程序只能中止，相关确权事宜交由上述确权机关审理，待确权结果明确之后，诉讼程序重新启动。因此，司法部门与行政部门各司其职，缺乏必要的沟通机制，加剧了知识产权民行交叉案件的程序拥堵，不仅增加了当事人的负担，也造成了资源的浪费。另外，我国知识产权行政机关除了具有一般的管理职能以外，还兼具执法职能，行政救济途径对于一个并不理想的知识产权保护环境而言，更具有现实意义。当行政部门对知识产权违法行为进行行政处罚之后，当事人如果对该处罚结果有异议，可以依据行政诉讼规则提起行政诉讼，此时司法部门将对同一违法行为进行审理，以确认行政处罚决定的合法性，假如二者出现认识上的不一致，不仅无法对当事人保证公平公正，还会影响法律的权威。
知识产权法院成立以后，知识产权审判工作将逐步走向专业化，审判人员专业素质也得到大幅度提升（以北京知识产权法院为例，首批选任了２２名法官（含４名庭长），除庭长外的１８名法官均由遴选委员会从全市三级法院中遴选产生。研究生以上学历的占９１％，平均年龄４０．２岁，从事知识产权审判的平均年限为１０年，近五年人均承办知识产权案件４３８．５件①）。为了避免知识产权法院与知识产权行政部门在一些交叉问题上的裁决结果不一致，合议庭组织人员结构应当适时予以调整，知识产权法院可以在合议庭人员构成中增加行政管理部门相关人员。在具体人员选拔机制中，可以参考我国已经较为成熟的人民陪审员制度，与法院审判人员共同组成合议庭。并且，在时机成熟的前提下，适时允许知识产权法院对权利有效性予以独立判断，提高诉讼效率。为了保证司法部门与行政部门对于相关权利效力的判定保持一致，知识产权法院可以通知确权行政部门参与诉讼过程。同时，未来知识产权法院应当建立与知识产权行政部门沟通机制，并且应实现常态化。这就要求司法部门与行政部门打破部门界限，在信息交换、人员交流等方面予以突破，并且相互尊重对方裁决，维护司法公信力。