在系统规划的同时，未来知识产权法院的顶层设计需要进一步完善。全国人大关于在北京、上海、广州设立知识产权法院的决议，在性质上，属于一个过渡性方案。根据该方案，知识产权法院第一审判决、裁定的上诉法院，由知识产权法院所在地的高级人民法院审理。也就是说，知识产权案件的上诉法院仍在原有司法体制框架之内，这本身存在一定的弊端。知识产权司法体制改革的目标之一是统一裁判尺度，以适应知识产权案件专业性和复杂性的特点，如果知识产权法院只停留在初审阶段，对上诉案件无法进行专门化审理，最终司法体制改革可能又回到原点。而且，２００８年在《国家知识产权战略纲要》中也涉及了建立知识产权上述法院的战略构想，在试点经验成熟的基础上，知识产权法院的顶层设计应逐步完善。知识产权上诉法院可以在合并改组各高级人民法院知识产权庭基础上形成一个独立的二审法院，级别相当于高级人民法院①，未来也可以处理跨省知识产权二审案件。知识产权司法体制改革的目标之二是提高诉讼效率、降低改革成本。毫无疑问，将知识产权民事、行政和刑事案件共同纳入知识产权法院管辖范围，最符合上述改革目的，而且与我国前段时间司法实践中试行的“三审合一”诉讼体制改革一脉相承、顺理成章，具有一定的现实基础。如此一来，一方面可以最大程度节约诉讼资源，降低改革成本；另一方面，可以对知识产权案件予以适当集中，提升专门法院的效率性和专业性。总之，未来知识产权法院在系统规划与顶层设计方面，仍需进一步完善。
从国际实践来看，成立知识产权上诉法院审理上诉案件的国家并不少见，较为典型的如美国、日本。美国联邦巡回上诉法院是美国历史上第一所，也是唯一一所对专利案件有专门性管辖权的上诉法院，该院的建立一度备受质疑与苛责，而数年的发展完善令其成为美国科技高速进步的重要推进者，而该法院也成了此后建立的日本、韩国、我国台湾地区等地的知识产权法院相继学习的楷模。②日本知识产权高等法院也是处理知识产权上诉案件的专门法院，审理包括东京高等法院管辖的知识产权案件。③由此可见，建立知识产权上诉法院是案件审理专业化的根本保证，仅在初审阶段引入专门审判，上诉阶段重新回到普通法院，不仅造成程序设置的混乱，无法保证裁判尺度的统一，还背离了司法体制改革的目标。