自从《巴黎公约》首次提出“货源标记”和“原产地名称”概念之后，对地理标志商标的概念界定经历了从《马德里协定》的“货源标记”到《里斯本协定》的“原产地名称”， 最后到TRIPS协定的“地理标志商标”的过程。对于“货源标记”、“原产地名称”和“地理标志商标”之间的关系应当如何理解?通行的观点认为，货源标记概念的外延最大，涵盖了地理标志和原产地名称；原产地名称的范围最小；地理标志商标则介于原产地名称和货源标记之间，换言之，货源标记包括了地理标志商标，而地理标志涵盖了原产地名称。但事实上地理标志商标并不能完全涵盖原产地名称，因为地理标志商标不适用于服务，且其指示的地域必须在一国领土之内。原产地名称不受这两个条件的限制。因此有学者认为TRIPS协定的地理标志商标和《里斯本协定》的原产地名称“极为接近，基无差异，二者间有大部分相同，但亦有一部分是各自有的部分”换言之，地理标志商标和原产地名称虽然都是货源标记的子集，但是地理标志商标和原产地名称却是交集的关系。笔者认为这种观点更为准确。还有一种观点认为，虽然地理标志商标和原产地名称都是货源标记的子集，但它们是两个独立的概念，分别适用于不同种类的产品。
国际条约中使用的地理标志商标术语和定义均来自欧洲，通过上述国际条约，欧洲的地理标志商标概念被引人许多国家国内法，但各国对地理标志商标的理解不完全相同，用语也五花八门。例如欧盟使用“受保护的原产地名称”(PDO) 和“受保护的地理标志商标”(PGI) ，法国使用“受监控的原产地名称”(Appellation d'Origin eContr6lee，AOC) ， 德国使用“地理来源标志”(geo grafische Herkunft san gabe) ，俄罗斯使用“原产地名称”，巴西同时使用“原产地名称”和“货源标记”等等。各国对地理标志商标的理解和用语不一，在一定程度上导致了TRIPS谈判的混乱。1)实际上，不论在国际条约中还是在各国国内法中都不存在统一、抽象的地理标志商标概念，任何一个地理标志术语都只能在具体的制度环境下界定其具体含义。
当然，在某些情况下，也需要一个一般性用语作为现有各种地理标志术语的统称。2001年WTO秘书处在对WTO成员地理标志商标保护的调查结果进行总结时发明了一个新的用语，即“地理来源标志”(indications of geographical origin， 简称IGOs) 。秘书处在该总结报告中特别声明， 考虑到WTO成员使用了各不相同的术语和定义来指称商品和服务的地理来源， 而“地理标志商标”在TRIPS协定中有特定法律含义，为避免给成员权利和义务造成不良影响，特采用“地理来源标志”作为所有相关概念的统称。这一用语也被一些学者用来统指所有与地理标志商标有关的用语和称谓，包括货源标记、地理标志商标、原产地名称以及其他相关用语和表达。地理来源标志由此可以分为两大类：一类是单纯的地理来源标志，如“xx制造”，这类标志不表示产品的特征与地理来源有直接关系，适用“货源标记”的规则；另一类是适格的地理来源标志，即表明产品的特征与地理来源有关，这类标记通常是原产地名称。
从目前的趋势来看，除了在特定法律制度下地理标志商标具有该制度下的特定含义之外，“地理标志商标”一词在一般情况下已被作为一个集合的术语来使用，就是指“地理来源标志”。