地理标志商标究竟是私权还是公权?对此学界争议颇大，主要有以下三种观点：
第一种观点认为地理标志商标与商标、专利、著作权等知识产权一样， 都是私权。理由是TRIPS协定序言部分明确宣称WTO各成员“承认知识产权是私权”， 地理标志商标作为TRIPS协定规定的知识产权之一，当然也是私权，其所有权属于地理标志商标所标示地域内的生产商。3)这种观点认为，地理标志商标不仅表示产品的原产地——-这仅仅是地理标志商标的初始含义——还必须传达产品的质量、特征、声誉等信息，此为地理标志商标的“第二含义”。此“第二含义”与商标法上的“第二含义”相似，使地理标志商标成为具有“显著性”的来源识别标记，将某一原产地和其他产地区分开来。生产商通过对地理标志的使用，使消费者将商品与特定地域相联系。因此生产商基于其投入，应当成为地理标志商标这种私权的所有人。换言之，地理标志商标信誉的建立需要相关地域内生产商的努力和投人，这个过程与商标信誉的建立是类似的，因此商标和地理标志商标都是私权，其所有人就是为其商业化作出了努力和投资的人。就功能而言，地理标志商标与商标也没什么不同，都是来源标记和品质保证，都是一种商业利益。所以地理标志商标完全可以融人商标保护制度，例如美国将地理标志商标当作商标的一个子集并提供商标法(通常作为证明商标和集体商标)保护。
第二种观点认为地理标志商标是公权利。这种观点认为，地理标志商标与商标的相似之处仅仅是表象。尽管地理标志商标与商标都以信誉为基础，但是两者存在本质的重大区别。例如，地理标志商标不能像商标那样仅仅通过申请注册或者通过“使用之意图”来创立；商标是一种个人财产权，而地理标志商标是一种集体权利，不能归个人所有，只能由地理标志商标所指示的地区或地方所有；商标可以许可给第三人使用，但地理标志商标不得随意许可他人使用。可见地理标志商标是完全不同于商标的权利，2)也与传统意义的私人财产权不相容。法国官方的观点认为，地理标志商标与私人所有权没有任何关系，它是一种使用权。3)国际知识产权保护协会(AIPPI) 在2006年的调查也表明：大多数国家认为地理标志商标的注册不会产生财产权，在这些国家也不存在单个的“所有人”或者“权利持有人”；还有一些国家认为应把地理标志视为公共产品或集体权利!在美国实际上也有相同看法，例如美国认为其葡萄酒原产地名称“美国葡萄栽培区”(American Viti-cultural Areas， AVAs) 就是集体性权利。美国加州上诉法院在一则案例中指出， 从法理角度而言， 作为批准证书标签(certificates of labelapproval， COLAs) 的美国葡萄酒地理标志商标不是私人财产， 这类标签由州管理，是集束性权利的一部分。这一判定与法国葡萄酒名称制度的规范基础十分相似。总之，地理标志商标作为一种识别性的标记，能够产生具有商业价值的声誉，因而被纳人知识产权领域，但它与商标制度有着根本区别。地理标志商标专属于特定地域，对该地域内所有符合条件的人开放，很难将其纳入私有财产的范畴。3)因此TRIPS协定将包括地理标志商标在内的所有知识产权都认定为私权显然是个错误，应当予以修正。
第三种观点认为，地理标志商标是私权，但是这种权利是集体权利而非个人权利。地理标志商标被多个主体集体使用，地理标志商标的识别性是一种集体识别性而非个体识别性，但这不意味着地理标志商标不是私权(地理标志商标作为集体性权利，不像专利、著作权那样属于个人所有，必须由个人或生产商协会，或者由法律规定的官方机构享有。地理标志商标是属于相关产品生产商的公共财产，他们共同对地理标志商标享有私权。作为公共财产，地理标志商标不得买卖、抵押或转让。如果地理标志商标权利持有人死亡，使用权可以转移给继承人。在上述三种观点中，主张第一种观点即私权说的主要代表是美国等新世界国家，这也是美国在多哈谈判中一贯坚持的立场；欧洲国家传统上一直持第二种观点，得到了多数国家的赞同，成为目前主流观点。第三种观点是一种折衷立场， 算是兼顾了TRIPS协定的精神和地理标志商标的实践。应当承认， TRIPS协定关于知识产权是私权的论断不符合地理标志商标的实践和规律。实际上TRIPS协定作为各方利益妥协的结果， 本身就是一个矛盾混合体， 利益不同的WTO各成员都可以从中找到支持自己诉求的依据，或者按照自己的需要对TRIPS协定作不同解读， 拖宕十几年的多哈回合谈判也充分证明了这一点。