对传统知识议题的讨论源于对TRIPS协定第27条第3款(b)项的审查，即植物和动物发明的可专利性及植物品种的保护问题，此问题的讨论表现为发达国家和发展中国家之间的矛盾和对立。该审查始于1999年，讨论的问题涉及以下几个方面：
是否应为植物和动物发明提供专利保护。支持专利保护的观点认为，充分的保护能激励私人对发明活动的投人，有利于解决发达国家和发展中国家在农业、营养、卫生和环境等领域中共同面临的问题，)也有利于技术的转让和传播。为实现这一目的，有必要建立保护植物和动物发明的国际规则。反对的观点认为，过于宽泛的专利授权会产生基因材料和传统知识的“生物盗版”问题，妨碍农民对育种的使用和交流；现有的国际安排只保护了创新者的利益，没有为提供基础性基因材料和传统知识的国家和社区提供足够保护，因此应当强化《生物多样性公约》规定的事先知情同意和利益分享规则的效力。
7条第3款(b)项可专利性之例外条款的适用范围。一些发展中国家认为，第27条第3款(b)项规定使用的“植物”、“动物”、“微生物”、“非生物和微生物方法”等术语缺乏清晰的定义，会使该条款的适用范围缺乏法律上的确定性，有必要在国内和国际层面对这些术语作出界定。反对观点认为，要使所有WTO成员就这些术语的定义达成一致是非常困难的，这些术语在国际层面上缺乏清晰定义为各成员对这些术语的理解提供了弹性空间。
关于第27条第2款规定的可专利性之伦理限制的讨论。有成员提出，对于专利授权的伦理限制应当考虑以下因素：公共健康问题、对研究材料的限制、基因利用限制技术下(GURTs)的竞争限制(人权、农业安全、生物盗版、传统知识和农民权，以及第27条第3款(b)项的现有规定无法制止专利制度被滥用的问题。有观点认为，对生命形式授予专利本身就是违反伦理的、有害的，应无条件予以禁止，第27条第2款的现有规定尚不足以实现这一目标。发达国家成员认为，第27条第2款已充分考虑到了专利法方面的伦理道德因素，其他与伦理相关的问题应当通过环保、公共健康或动物福利方面的法律来处理。
对专利授权条件的讨论。TRIPS协定第27条第1款规定了专利授权的条件，即新颖性、创造性和实用性。如何在国内法中将上述条件适用于微生物和微生物方法以及其他具有可专利性的植物和动物发明?一种观点认为，由于上述专利授权条件缺乏清晰的定义，特别是“发明”的定义和可专利性之微生物、微生物方法或非生物方法的范围不够清晰，导致灰色地带的存在。如果将这些问题完全交由各成员自行裁量，会引发一些问题。9)另一种观点认为，上述问题应当由WTO成员国内法和专利机关作出界定，这种自由空间也是TRIPS协定灵活性的表现。
关于植物品种的专门立法保护。支持植物品种保护的观点认为对植物品种的保护能促进农业新技术的发展和植物新品种的培育，强化植物品种保护有利于提高农业生产的效率反对的观点认为植物品种保护会对发展中国家的粮食安全、卫生、农村发展等国家目标的实现产生不利影响，对于拥有传统知识并培育了主食作物物种以及具有医学价值和生物多样性价值物种的土著社区来说，也会对其权益造成损害。
实现植物品种有效专门保护的要素。这方面的讨论涉及专门保护对象的界定、授权条件、权利内容、权利人的确定、权利保护的限制和例外、权利的有效期、授权程序、权利的行使等具体问题。每一具体问题的讨论至少存在两种对立观点。
TRIPS协定与《国际植物新品种保护联盟公约》(UPOV)的关系，即《国际植物新品种保护联盟公约》规定的植物品种保护制度是否构成符合TRIPS协定第27条第3款(b)项之目的的专门有效保护。一种观点认为，尽管TRIPS协定没有明确要求遵循《国际植物新品种保护联盟公约》的模式，但是该公约规定了符合TRIPS协定第27条第3款(b)项要求的专门有效保护。因此《国际植物新品种保护联盟公约》应予推广适用。反对观点认为，不应在TRIPS协定中援用《国际植物新品种保护联盟公约》，理由是该公约以保护工业化国家植物育种者为目的，忽视了发展中国家使用者的需求，WTO成员应可以自由选择《国际植物新品种保护联盟公约》之外的保护模式，如联合国粮农组织的植物基因资源国际条约或《生物多样性公约》的模式。
植物品种专门保护与传统知识及农民权的关系。一种观点认为，植物品种保护的法律和措施会对传统知识和农民权产生直接影响。一些国际条约(如《生物多样性公约》、联合国粮农组织的植物基因资源国际条约、非盟示范法)能够为主食作物和药用植物提供保护，具有保护传统知识和农民权的作用，但有的条约不具有这种保护作用，如《国际植物新品种保护联盟公约》。植物品种保护制度能否保护传统知识和农民权，取决于这些制度和措施能否实现利益关系的平衡，是否对农民权和传统知识作出了适当认可和规范。TRIPS协定第27条第3款(b)项为上述条约、规范的解释和适用提供了弹性空间，应当予以保留，不得改动。反对的观点认为，TRIPS协定专门保护的对象主要是商业性植物品种，农民权可以通过WTO成员国内法得到专门保护；另外农民权是个过于宽泛的议题，超出了TRIPS协定的范围。
技术转让问题。技术转让是TRIPS协定第7条规定的基本原则之一。许多发展中国家认为，基于生命形式和基因材料的知识产权会妨碍对该领域技术的应用并推高技术成本，阻碍技术向发展中国家的迅速传播。发达国家则认为，TRIPS协定在发展中国家的有效实施，包括第27条第3款(b)项的实施可以激励投资者对这些国家创新性事业的投人，掌握在私人手中的技术可以通过市场机制实现技术转让的效率最大化。已有的经验表明，技术的受让人和使用人获得的收益总是高于获得技术的成本，而且他们也能很快成为后继技术的创造者。
综上可见，在动植物发明的专利保护以及植物品种保护问题上，发达国家与发展中国家的立场是截然对立的。发达国家主张扩大对生命领域技术的知识产权保护，以维护其技术垄断地位，并通过知识产权保护的国际化尽可能榨取更多的经济利益。发达国家对《国际植物新品种保护联盟公约》有明显的偏好，希望借助TRIPS协定予以推广。发展中国家从多哈回合促进发展之宗旨出发，以伦理、公共健康和环境保护为依据，认为对生命技术不应授予知识产权保护，并从多个角度提出了对生命技术知识产权进行限制的主张。发展中国家强烈抨击发达国家非法掠取基因资源和传统知识的“生物盗版”行径，并提出将《生物多样性公约》的事先知情同意与利益分享机制与TRIPS协定相联系，由此引发了TRIPS协定与《生物多样性公约》关系的讨论。