反对收回提案的观点认为，如果欧盟收回41个地理标志商标，无疑会使欧盟生产商获得垄断收益，这是以美国等国家的葡萄酒、奶酪等相关产业的损失为代价的。例如美国加州发泡葡萄酒生产商不能再将“香槟”作为通用名称使用，威斯康辛州的奶酪生产商也不能继续使用“Feta”名称。美国有一些商标与欧盟收回提案中的41个地理标志商标存在某种程度的联系，收回提案会给这些商标带来不利影响，构成对商标权人商标广告宣传投资的损害，使其产品销量下滑。另外，其他国家对欧盟地理标志商标的使用实际上是一种免费宣传，如果欧盟收回41个地理标志商标，消费者可能就不再认识这些名称了，它们将在很多国家市场上彻底泯灭无闻。欧盟即使取得了对这些地理标志商标的商业控制权，其可能享有的经济收益也不宜被过分夸大。例如西班牙放弃了对“香槟”的使用而转用自己的发泡葡萄酒名称“Cava”后，法国香槟并没有在西班牙占领西班牙发泡葡萄酒的市场份额。又如澳大利亚在与欧共体签订葡萄酒贸易协定后停止了对欧洲地理标志商标的使用，但是欧洲葡萄酒在澳大利亚的销量也没有出现实质性增长。
也有观点认为，反对者对欧盟收回地理标志商标的担心不符合实际情况，例如澳大利亚在停止对欧洲地理标志商标的使用后，其葡萄酒生产和竞争力并未下降，恰恰相反，澳大利亚以自己的地区名称和葡萄品种为依托，发展出了世界上最具活力的葡萄酒产业。2003年澳大利亚葡萄酒在英国和美国的销量都超过了法国葡萄酒，欧洲葡萄酒在过去10年间对澳大利亚的出口量却没有出现增长。因此新世界国家也可以从地理标志商标保护中受益，即通过强化地理标志商标保护制度并建立自己的地理标志商标声誉，以获取新的商业机会，不应把地理标志保护视为市场竞争的障碍。2005年美国与欧盟签署葡萄酒贸易协定，就地理标志商标之通用名称问题达成了协议，似乎表明双方在这个问题上的分歧得到了解决。通过该协定，美国同意停止将欧洲地理标志商标作为通用名称使用，使美国葡萄酒生产商获得了向欧盟出口葡萄酒的机会，这也有利于提升美国葡萄酒名称在国际上的声誉。
欧盟之所以要在农业谈判中提出地理标志商标问题，目的是将地理标志商标保护与农业关税减让挂钩，以换取其他国家，特别是发展中国家的支持。欧盟认为，农业关税减让与地理标志商标保护都属于市场准入问题，因而主张在农业谈判中将两者纳人市场准人议题。2005年10月，欧盟明确将其最终农业关税减让与地理标志商标扩大保护、多边注册(此多边注册应涵盖所有产品)以及收回提案挂钩，使地理标志商标议题变得更为复杂。
此外，地理标志商标保护与农业谈判中的其他议题，如削减国内补贴和出口补贴也存在密切联系，由于篇幅所限，不再赘述。