同名名称是地理标志商标领域一个比较特殊的问题，它与欧洲的殖民历史有关。在新世界国家有许多地方的名称与欧洲地名同名，加上新、旧世界国家的农业传统、饮食习惯有很多相同之处，造成了农产品和食品地理标志商标同名的现象。为避免市场混淆，需要对这个问题进行规范。
《510/2006号条例》条例第3条第3款规定：“如果一个名称和已经依照本条例获得注册的名称完全同名或者部分同名，在对这一名称进行注册时应适当考虑当地的传统使用和引发混淆的实际风险。特别是：
(a)如果同名名称使消费者误认为产品来自其他地区，即使该名称就该农产品或食品的来源地域、地区或地方而言是真实的，该名称也不得注册。
(b)在后注册的同名名称只有在实践中能够和已注册名称明确区分的情况下，同名的注册名称才可以使用。这时应确保相关生产者受到公平对待并避免误导消费者。”
简而言之，只要确保相关生产者受到公平对待和避免消费者受到误导，同名地理标志商标可以并存。《510/2006号条例》条例的这一规则与TRIPS协定第24条第3款的规定是一致的。但是应当注意，在TRIPS协定中，这一规则仅适用于葡萄酒地理标志商标，而《510/2006号条例》条例将其推广适用于农产品和食品。从实践来看，因地理标志商标同名而发生的纠纷极为少见，到目前为止欧盟还没有出现与同名地理标志商标有关的案例。
关于动植物品种名称，《510/2006号条例》条例第3条第2款规定：“如果一个名称与植物品种或动物品种名称冲突，可能会在产品的真实来源上误导消费者的，该名称不得作为原产地名称或地理标志商标注册。”这一规定是为了防止地理标志商标与已获得保护之动植物品种名称发生混淆，引发消费者的误认。
以植物品种为例，《1994年关于共同体植物品种权的欧洲理事会第2100/94号条例》规定，要在共同体获得植物品种权，必须为该品种指定一个名称植物品种权的持有人对该名称享有法定权利，表现在：任何人在共同体境内为商业目的向他人提供或转让受保护的植物品种，必须使用该名称；如果以书面形式使用该名称，该名称必须足够清晰明确，如果该名称与商标、商号或其他类似标记相联系，该名称必须易于辨认；任何人如果就该植物品种的其他材料采取上述类似行为，必须按照其他法律规定指明该名称，或者根据职权机关、买受人或具有合法利益的其他人的要求指明该名称。值得注意的是，对植物品种名称的保护不受期限限制，即使共同体植物品种权效力终止，对品种名称的使用仍需遵守上述规则。对于违反植物品种名称使用规则的行为，权利人有权要求停止侵权、赔偿损失。在为植物品种命名时，申请人有可能使用地名命名，一旦命名得到批准，就成为该植物品种的永久命名，可能会与后续的同名地理标志商标注册申请发生冲突。
如果动植物品种名称作为地理标志商标不会误导消费者，则可以获得注册。例如法国有一种奶酪叫“Abondance”，有一种牛的品种也叫“Abondance”，由于这两者不可能发生混淆，所以奶酪“Abon-dance”获准注册为受保护的原产地名称。另一个例子是葡萄牙的“Carnalentejana”，该名称是一种牛肉的传统名称，同时也是一种牛的品种名称，由于这种Alentejana牛仅产于特定地域，因而这一名称也不会造成消费者的混淆。