对于地理标志商标与商标的关系，《510/2006号条例》区分了三种情况：
1.如果原产地名称或地理标志商标的注册是基于某商标的声誉、知名度和长期使用，并使消费者对产品的真实身份发生误认，这样的原产地名称或地理标志商标不得注册。
2.如果原产地名称或地理标志商标已按照《510/2006号条例》获得注册，属于条例第13条规定的情形之一且涉及同一产品类别的商标注册申请如果是在该原产地名称或地理标志商标注册申请提交之后提出的，该商标注册申请应予以驳回，如果该商标已经获得注册则应当予以撤销。
3.在原产地名称或地理标志商标在其原属国受保护之前，或者在1996年1月1日之前，如果某商标在欧盟境内已经被善意地申请、注册或根据有关法律规定通过使用而得以确立，且符合条例第13条规定的情形之一的，只要该商标不具有《1988年12月21日关于协调成员国商标立法的89/104/EEC第一号理事会指令》或者《1993年12月20日关于共同体商标的欧共体理事会第40/94号条例》规定的宣告无效或撤销的理由的，即使原产地名称或地理标志商标获得了注册，该商标仍可以在共同体法律的保护下继续使用。
由此可以归纳出《510/2006号条例》处理商标与地理标志商标关系的三个基本规则：第一，如果商标的声誉、使用成立在先，地理标志商标的注册导致消费者混淆的，地理标志商标不得注册；第二，如地理标志商标注册申请在先，在后提出的商标注册申请应当予以驳回，即便该申请获得了注册也应当予以撤销；第三，如果商标的注册申请、注册或权利的成立先于地理标志商标在原属国获得的保护，或者早于1996年1月1日，只要该商标不具有商标法律法规规定的宣告无效或撤销的理由，可以与在后获得注册的地理标志商标并存。由此可见，《510/2006号条例》不允许在后商标与在先地理标志商标并存，却允许在后地理标志商标与在先商标并存，在一定程度上赋予了地理标志商标优先于商标的地位。下面将结合具体案例对商标与地理标志商标的关系作进一步分析。
首先，如果申请注册的商标含有已注册原产地名称或地理标志商标的，适用在先原则，该商标不得注册；如果此类商标获得注册，原产地名称或地理标志商标权利人有权要求撤销该商标注册。21例如在1996年“帕加诺”奶酪(GranaPadano)被注册为一种意大利硬奶酪的原产地名称，1998年BiraghiSpA注册了“GranaBiraghi”奶酪商标，“帕加诺”奶酪原产地名称权利人针对该商标提出了撤销请求，导致该商标最终被撤销。
如果地理标志商标注册申请与在先商标冲突，只要该注册申请符合诚实信用的实践即可以获得核准，此时尽管地理标志商标或商标的使用会构成对对方权利的侵权，但两者可以并存。以“巴伐利亚啤酒案”为例，此案一方当事人是荷兰一家名为“BavariaNV”的啤酒公司，它是在先商标所有人，另一方是巴伐利亚啤酒商协会(Bay-erischerBrauerbund)，是受保护地理标志商标“巴伐利亚啤酒”的持有人。BavariaNV作为荷兰最大的啤酒生产商之一，早在1925年就开始使用“巴伐利亚”(Bavaria)这一名称，1930年该名称成为公司名称的一部分。BavariaNV拥有和使用若干含有“巴伐利亚”名称的商标，这些商标最早在1947年获得注册。2001年巴伐利亚啤酒商协会获得了“巴伐利亚啤酒”册。(BayerischesBier)地理标志商标的注此后巴伐利亚啤酒商协会对BavariaNV提起诉讼，以阻止后者继续(在意大利)使用“巴伐利亚”名称并要求撤销其含有“巴伐利亚”名称的商标。2009年欧洲法院的判决确认了并存原则，即第三方善意在先申请注册的商标只要不具有被撤销或宣告无效的事由，可以和在后注册的地理标志商标并存。对此有学者认为，如果商标含有在后获得注册的原产地名称或地理标志商标，该商标的优先权和专有权将面临被侵蚀的风险。
与通用名称问题一样，欧盟赋予地理标志商标优先于商标的法律地位也是出于扶持地理标志商标的政策考虑。事实上，欧共体在葡萄酒领域曾赋予地理标志商标绝对优先于商标的法律地位，即在后注册的地理标志商标可以导致含有该地理标志商标的在先商标被撤销。这一规则在实践中引发了争议，特别是“Torres”案的处理结果招致广泛批评。20世纪90年代欧共体通过颁布《2081/91号条例》和修改《2392/891号条例》对这一规则进行了调整，地理标志商标不再具有排斥在先商标的绝对效力，两者可以并存。在这一规则下，地理标志商标仍享有优先于商标的地位，引起了美国不满，认为这种安排构成了对商标权地位的侵害，并以《2081/92号条例》违反TRIPS协定为由发起了WTO争端解决程序。但是专家组的裁决)认为《2081/92号条例》关于地理标志商标与商标关系的规定未违反TRIPS协定，因此《2081/92号条例》对地理标志商标与商标关系的安排在《510/2006号条例》中得以保留。