在东阿故地三家阿胶企业中，除阳谷古阿井阿胶厂外，山东东阿阿胶股份有限公司与山东福胶集团均拥有地理标志商标，其中山东东阿阿胶公司享有“东阿县阿胶”原产地标记（证书号００００１１９），福胶集团享有“东阿镇阿胶”原产地标记（证书号００００２００），均在２００３年３月１８日获得注册。在国家质检总局于２００５年发布《地理标志商标产品保护规定》之后，山东福胶集团的原产地标记随之变更为地理标志商标产品保护标记。山东东阿阿胶公司原先注册的原产地标记在２００６年３月到期后，山东东阿阿胶公司提出地理标志商标产品保护标记注册申报，同时阳谷古阿井阿胶厂也提出了申报阳谷古阿井地理标志商标产品保护的申请。由于两家企业都同处聊城市，聊城市政府必须对这两项申请进行协调，但迄今未达成任何协议，致使两家企业地理标志商标产品保护上报工作拖延至今。
与地理标志商标有关的权利冲突主要有两方面，一是地理标志商标与商标的冲突，二是不同企业地理标志商标之间的冲突。
地理标志商标和商标的冲突在山东福胶集团申请注册原产地标记之时就开始出现。原国家出入境检验检疫局在２００１年发布《原产地标记管理规定》后，山东福胶集团率先提出注册“东阿阿胶”原产地标记的申请，于２００２年２月２５日获得认定并公告。山东东阿阿胶公司随即提出异议，认为此原产地标记侵犯了其注册商标“东阿阿胶”。后来国家质检总局对福胶集团和山东东阿阿胶公司同时授予了原产地标记，即福胶集团享有“东阿镇”标志，山东东阿阿胶公司享有“东阿县”标志。这个结果虽然皆大欢喜，各取所需，但又造成了商标和地理标志商标之间的新矛盾，即任何一家企业的地理标志商标都与对方的商标构成近似标记。由于我国《药品说明书和标签管理规定》不允许在药品包装上使用原产地标记或地理标志商标产品保护标记，企业目前不能在内销产品上使用这些标记，只能在出口产品上使用，所以地理标志商标和商标的冲突在国内市场尚未显现。那么在出口市场上商标和地理标志商标的并用是否会引发混淆？笔者认为这种可能性是存在的。
此外，山东东阿阿胶公司的“东阿县”原产地标记与山东福胶集团的“东阿镇”原产地标记也十分相似，除了阿胶行业的从业者之外，普通消费者很难区分这两种标记，造成了不同企业地理标志商标之间的冲突。不仅如此，与山东东阿阿胶公司同处聊城市的阳谷古阿井阿胶厂也提出了地理标志商标产品保护申请，又使聊城市政府遇到棘手的难题。虽然山东东阿阿胶公司曾获得“东阿县”原产地标记，在期满后可以依照《地理标志商标产品保护规定》再次申报，但阳谷古阿井阿胶厂是古阿井所在地，其申报正当性不容否认。这使三家企业地理标志商标权利的关系愈加复杂。
地理标志商标与商标、地理标志商标与地理标志商标之间冲突的根源在于部门立法和部门利益，部分政府部门置消费者权益和公共利益于不顾，为追求部门利益不惜损害正常的市场秩序和竞争环境，甚至破坏国家法制的统一。