１．我国地理标志商标使用的实际效果有限。从章丘大葱、山东阿胶和张裕葡萄酒三个案例可以看出，我国消费者对地理标志商标缺乏了解，没有将其作为选购、区分产品的主要依据，商标在消费者的购物行为中仍起主要引导作用，因此生产经营者使用地理标志商标的积极性不高。尽管在政府的积极引导下我国地理标志商标的申报注册十分活跃，但使用和保护并不理想，我国地理标志商标实践存在申报热使用冷的问题，没有产生预期的理想效果。
２．政府对地理标志商标的保护和推广具有不可替代的作用。地理标志商标是一种集体性、开放型的权利，会出现“市场失灵”问题，无法依靠市场个体的力量解决，因此地理标志商标的保护和推广须借助公共机构的力量。公共机构可以是政府，也可以是行业协会。鉴于行业协会在我国尚不成熟，力量有限，政府应是目前保护和推广地理标志商标的主力。从长远看，应努力培育由生产企业和营销企业组成的行业协会，由它们主导地理标志商标的推广和保护。从上述案例可以看出，在政府干预较多的情况下，地理标志商标能得到有效推广和保护，如“章丘大葱”证明商标从注册到推广都得到章丘市政府的大力支持，已成为我国地理标志商标保护的典型例子；反之，在政府支持不力，缺乏相应制度和资源配套的情况下，地理标志商标就成为纯粹的概念炒作，其推广和保护面临困境，例如山东阿胶的地理标志商标产品保护的推广举步维艰，其保护有名无实。
３．应根据我国国情选择适当的地理标志商标保护模式。作为地理标志商标保护的两种主要模式，集体商标、证明商标保护和专门立法保护各有优缺点：
（１）集体商标、证明商标保护的优势和不足。我国采用商标保护模式有以下几方面优势：①降低立法成本。从理论上看，地理标志商标保护可以纳入商标法中，地理标志商标的概念也能被商标概念所容纳。证明商标、集体商标姑且不论，即便是普通商标也可以容纳地理标志商标的概念，像“张裕”商标就是典型例子，张裕公司在进行品牌宣传时有意识地将地理标志商标的要素融入了“张裕”商标，使消费者通过“张裕”商标即可理解品牌背后的地理标志商标要素内容。以商标法保护地理标志商标可以大大降低立法成本。②减少法律冲突。采用商标立法能大大减少法律冲突和权利冲突，使地理标志商标和商标的冲突简化为商标之间的冲突，这种冲突可以在商标法律制度内解决。③更符合消费者的习惯。我国消费者习惯于认牌购物，对地理标志商标缺乏了解，因此以商标保护地理标志商标更符合我国消费者的习惯，也更有利于地理标志商标效用的发挥。
商标保护也存在不足，最大的问题是保护力度不足，因为商标权作为纯粹的私权由商标权人掌握和行使，由于商标权人缺乏必要强制手段，在某些情况下因维权成本过高不能有效制止侵权行为，这一点在“章丘大葱”证明商标案例的分析中也有体现。另外，商标的注册和授权使用一般需支付较高的费用。
（２）专门立法模式的缺陷和优点。专门立法模式和欧洲国家的历史传统密不可分，从我国国情来看它有两个明显缺点：①制度设计过于复杂，不完全符合我国实践。专门立法模式采用严格的审批制度，获得审批的地理标志商标由国家严格管理或者由经授权的协会管理。这种专门立法模式和欧洲国家小规模、分散化经营传统相适应，但是我国缺乏这种传统，这种复杂的审批管理制度在我国实行起来有一定难度。另外，专门立法模式下的地理标志商标符号相对比较复杂，对于熟悉地理标志商标概念的欧洲民众来说，辨认这些复杂的符号比较容易，但对我国消费者并非易事。因此在地理标志商标在我国市场效果不明显，企业也缺乏使用地理标志商标的积极性。②专门立法模式在国际市场上的效果也不甚理想。以葡萄酒为例，在国际葡萄酒市场上，新世界国家产品的市场份额增长迅速，旧世界国家的市场份额不断受到挤压。这是因为新世界国家敢于创新，大胆采用新技术和规模化生产方式，提高了产品质量并降低了成本。新世界国家强调质量控制，不拘泥于产区，其商标标识方法更容易被新兴市场消费者接受；旧世界国家受复杂严格的地理标志商标制度的限制，强调产区的划分，坚持沿用传统生产方式，生产分散，产量低、成本高，加上复杂的地理标志商标符号难以被普通消费者辨识，其国际市场份额逐年下降。
专门立法保护也有优于商标保护之处，最主要的优点就是地理标志商标由政府依职权进行保护，这是一种强有力的直接行政保护，减轻了地理标志商标权利人或使用人的维权成本。除此之外，专门立法模式下的地理标志商标的注册和授权使用收费较低或者不收费。
我国现有的三种不同地理标志商标保护体制既有商标保护模式也有专门保护，这三种体制将长期并存。基于这一事实，我们需要研究的首要问题是如何协调好三种体制之间的关系，避免因制度冲突而造成的无谓虚耗，在此基础上，结合我国地理标志商标保护的具体实践，对三种制度作必要的调整和修正，使其扬长避短，发挥最佳效用。