尽管《商标注册试办章程》带有浓厚的半殖民地色彩,在商标权的取得、治外法权等关键问题上仍然存在妥协,但依然遭到了西方列强的普遍反对和抵制。1905年4月22日,英国公使萨道义伙同德、法、意、奥四国公使合拟了一份《各国会议中国商标章程》,照会清政府要求接受,称《商标注册试办章程》的基本内容没有起到保护外国商人商标权利的作用,因而没有获得本国政府的同意。现在各国已经在章程的基础上,经过修改以后重新拟定了一份商标法草案,希望能够和清政府进一步协商,在对草案进行一定的修改后再报请各国政府审批。
这份由英、德、法、意、奥五国代表共同拟定的商标法草案,对中国主权的践踏相比《商牌挂号章程》草案有过之而无不及:如第20条规定洋商侵害华商所使用的商标,要由注册局照会该国领事官,按照原先所签订的不平等通商条约内容来进行处理;第21条则规定,如洋商在中国侵害、假冒他人商标权,要按照被告是哪国之人,即照哪国法律来处罚,而不能按照中国政府制定的商标法令来进行认定和处罚。
面对列强粗暴干涉我国商标立法工作,国内人士通过报刊等新闻媒体纷纷发表议论和谈话,要求政府部门对列强的无理要求,不予理会。与此同时,商务部也派正在筹建中的商标注册局官员吴振麟先生,准备对《商标注册试办章程》进行系统修改。根据史料记载,经过吴振麟的多次修改拟定,最后将《商标注册试办章程》改订为一整套《商标法规》,但由于内容过于繁琐,并未与各国驻华公使达成一致意见。
1906年,清政府的商部、工部等部门合并而成立新的农工商部,原来在工部筹办的商标注册局,也同样被划归农工商部。1907年,袁克定被清政府任命为商标注册局局长,其一上任就开始着手对吴振麟修订的五种商标条例进行进一步修订,拟定成《商标章程草案》72条,另有附则3条。但农工商部并没有马上通过外务部转送各国使节,而是先面交外务部负责联络各国驻华使节的梁如浩,进行再度审阅。然而事情又不凑巧,不久之后梁如浩被调离外务部,改去东北任参赞,这样一来, 《商标章程草案》修订一事,便又搁置起来。直至清末,清政府被推翻,筹建的农工商部商标注册局自行消亡,中国的第一部商标法始终未能真正实施,只有作为商标挂号分局的京沪海关接受外国商标挂号,至清末合计近2.6万件,可以被当作晚清商标法律制度发展的纪念。尽管没有最终实施,但《商标注册试办章程》确立了商标权的司法保护方式,其主要内容为民国时期的商标立法奠定了基石。
从1906年开始,清政府逐步在各地实行地方政权改革,其目的就是要避免地方权力的过度集中,把行政权和司法权分离。作为最早试点的地方,1907年2月,天津的高等审判分厅和地方审判厅同时成立,位于杨柳青、赵家场、咸水沽、永丰屯四地的乡谳局也同时开局。虽然高等审判分厅和地方审判厅的厅长仍然由地方行政长官兼任,但就机构而言,已经开始接手所有刑民案件。天津的经验为全国首创,不久就推广开来,其他地区的各级审判厅也相继建立,并开始履行审判职责。《商标注册试办章程》中规定的商标权司法保护制度,自此有了更加明确的执行机关。