第一，我国科教体制仍存在许多弊端。
我国原有的科研院所在客观上把科研置于与生产相脱节的孤立状态，制约了知识成果在生产上的应用，缺乏知识成果转化为现实生产力的激励机制。据有关资料显示，中国经济增长因素中，30%靠人力，40%靠资金，靠科技进步约占30%。而发达国家的科技贡献已达到了70%~80%。
在教育体制方面，首先，我国传统的教育模式是一种典型的应试教育。以升学为目的的应试教育模式压抑了人的创造性，与人、自然和社会的发展不适应。其次，我国传统教育投资主体单一，教育经费主要来源于政府，并且受传统计划经济的影响，教育资金的预算约束软化，由此导致教育投资效益不高。最后，由于传统教育投资主体单一，造成教育经费不足，教师工资待遇低下，大量教育人才流失，且学校相互挖墙脚现象严重。这一切将导致我国科教体制不适应知识经济实行可持续发展的需要，无法为知识产权制度的实施与完善提供必要的技术、人才和制度支持。
由于我国知识产权制度的历史很短，人们的知识产权意识普遍很差。知识产权管理水平的提高和保护力度的加强，都有赖于普通人知识产权意识的加强，有赖于一批高素质知识产权专门人才的培养。然而，在我国，知识产权的普及教育除国家有关机关偶尔开办的一些短训班外，正规院校的课程设置中涉及很少。知识产权专门人才的培养，也只有极少数几所大学在进行，而且其中绝大部分为第二学位学生，硕士研究生很少，博士生则更难得，这与全国数百家高级法院、知识产权行政管理部门及几十万家大中型企业等对知识产权专门人才的需求是极不适应的。
第二，入世后，我国企业知识产权保护管理制度和风险防范意识面临严峻考验。加入WTO以后，我国企业整体竞争力不强，企业自身在知识产权保护方面还存在制度性缺陷。知识产权保护的整体意识薄弱，没有形成独特的、具有自主知识产权的核心技术，缺乏必要的企业创新能力和企业的技术开发人才，在国际贸易中处于劣势。
以商标权为例，我国企业商标管理制度存在疏漏。比如，我国企业商标功能的意识薄弱，有些企业受计划经济的观念影响，仍然认为商标可有可无，或不精心设计具有显著性特征的商标，或舍不得花钱去宣传商标；同时，我国企业商标权流失严重，有些企业缺乏长期战略，不重视商标权的取得，多年使用甚至在消费者心目中树立良好形象的商标并未注册。据统计，我国平均40个企业才有一个注册商标，一旦商标被其他企业在国内外抢注，或无法收回，或付出相当代价，有损企业竞争力，甚至失去市场先机；再如，我国的商标权保护未形成体系，这表现为企业注册商标后不重视商标的维护和管理，没有形成国内、国外，市场、互联网、预警、维权等一整套保护体系。如拥有OICQ的深圳腾讯公司被美国在线（AOL）指控其侵犯知识产权，难以自卫。
由于国内企业既得利益缺乏必要的支撑，我国企业在国际知识产权的相关贸易中始终处于劣势。前段时间国际上出现了一大批商标注册公司，以法律漏洞为纲，对中国惯用商标进行市场进入的可能性预测，并蓄意抢先注册，而后则进行商标倒卖或以“侵权”之名起诉以骗取赔偿。诸如此类，品牌被抢注了还蒙在鼓里的企业更是多如牛毛。