第一，从财富分配制度来看，知识产权制度本身并不是万能的，也具有不公平的一面。
实践证明，知识产权制度的作用是巨大的，它促成了知识呈几何级数的增长和迅速广泛的传播，促进了先进技术的普遍采用，极大地提高了人类的物质生活水平，丰富了人类的精神文化生活。但是知识产权制度除了上述积极作用以外，也表现出了不公平的一面。尤其在发达国家，它作为不公平旧秩序的一部分，造成了人们之间极大的贫富不均。名列前茅的世界富豪，几乎都是近十几年靠掌握和运用所谓“知识资本”，通过知识产权制度发迹的。据2000年报载，前世界首富比尔?盖茨的个人财富超过1 0 00亿美元，世界前3位富豪的总资产超过了48个发展中国家年国民生产总产值的总和。这是不合理的。
而这种不合理的现象在中国同样存在。如，中宜环能（CECO）董事长吴桐在北京创办中宜环能环保技术有限公司，他擅长发明，名下拥有多项专利技术，仅其“城市垃圾处理综合集成系统”一项专利，据估计无形资产就达12.5亿元。美国一家名牌杂志估计，吴桐的专利加起来，价值超过100亿美元。又如王志东、张朝阳、丁磊等，都是属于被知识经济的时代潮流推上富豪坐席的。这类富豪被称为“知识英雄”、“知本家”。王志东和丁磊的第一桶金，都是从各自所开发的软件中获得，数目达数十万元和百万元不等。另一幅鲜明的图景是：根据国家体改办的统计，2000年度，湖南、湖北、安徽、河南、河北、四川、黑龙江、吉林、辽宁9省农民的年纯收入为1 92 4元，陕西、宁夏、青海、云南、甘肃、贵州6省区的农民年纯收入为1 464元。
上述数字清楚地显示了处于知识经济时代背景下的中国，由于对科学、技术、新物质和精神产品的创新，各行各业中都出现了靠真才实学、努力工作来获得高收入的人员。相比较而言，知识文化水平较低的群体则往往处于财富分配的最底层。从这个意义上讲，知识经济及知识产权制度在一定意义上加大了社会的贫富差距。
第二，在我国知识产权回报—激励机制不断改善的过程中，尽管原有机制的不少弊端正在逐步取消，改革正趋于规范，但改革措施仍没有到位。
特别是在科研机构等实行成果鉴定与评估机制的产权机构中，知识产权后续工作还没有必要的激励机制。如在专利权或其他知识产权的鉴定、奖励过程中，有时会涉及专利权所属单位和专利完成者的冠名、排序等问题。因此，知识产权的生产研发个体在完成一个课题后，仍然比较关心是否能获奖、能获几等奖，因为这关系到单位或个人的切身利益。若这种评定机制最后的鉴定结果与预期相差很远，则很可能造成科研人员继续研发的动力不足、人员的流失，甚至是单位间的“扯皮”，使原本的评定激励机制失去应有的激励作用。又如，技术或工艺的专利申请完成后，在该专利项目使用经费中并没有列出申请维持该项专利的资金，获得专利的项目承担单位或个人，一方面产权主体过多地关心“荣誉”，而不在知识产权向现实生产力转化上下工夫；另一方面，知识产权项目的维持和后续资金不足，导致知识产权的再生产环节出现问题，回报—激励机制就失去了长期持久的激励作用，导致激励机制的无效。