在我国知识产权的界定、知识的使用和传播制度的诸多关系方面，还存在着较明显的不协调现象。
1．现代经济的标志之一，是承认知识产权的界定、知识的传播与转让，与知识的生产同样重要，而这三者，是靠知识产权制度运行中的法律制度体系支撑的。因而知识产权的相关法律制度在知识产权运行中的作用就显得尤为突出。
我国自1982年正式颁布《商标法》后，又相继颁布了《专利法》、《著作权法》和《反不正当竞争法》等专门的知识产权法律，在十多年的时间里，就基本建立起了较完备的知识产权保护体系。但是我国知识产权制度起步晚、基础差，随着我国经济体制的转轨和TRIPS协议的生效，在我国知识产权法律制度的管理和实施过程中产生了一些不协调的现象，主要表现在知识产权法律法规之间、知识产权执法部门相互之间及其与司法部门之间，以及我国知识产权制度与国外知识产权制度之间的不协调。
（1）现行知识产权法律、法规之间的不协调
我国现行的《商标法》、《专利法》、《著作权法》和《反不正当竞争法》是在不同时期、由不同的部门具体负责起草的，难免会在一些相同的或相近的问题上出现不协调。比如，对于抢注他人知名商标的行为，商标法中的申请在先原则与反不正当竞争法中的诚实信用原则不协调；又如，对于侵犯商标权、著作权的行为，商标法和著作权法分别规定了工商行政管理部门和著作权行政管理部门可以对侵权人进行处罚，但专利法中却未规定专利管理机关对专利侵权人享有处罚的权利。
（2）知识产权行政执法部门相互之间及其与司法部门之间的不协调
首先，由于知识产权三大管理机关在国家机构中分属于不同的部门，各司其职，因而难以形成协调统一的知识产权管理政策和保护力度。其次，由于条块分割、各自为政，造成信息不畅和资源浪费，类似机构重复设置增加了国家财政的负担。最后，导致“扯皮”现象，办事效率低下。以知识产权的评估管理为例，除涉及国有资产行政管理部门外，还涉及工商行政管理部门（商标局）、专利管理部门、著作权行政管理部门，政出多门，导致管理混乱。
（3）知识产权行政执法机关与司法机关的不协调
行政执法机关的职权只能在有限范围内行使，然而目前我国知识产权行政执法机关的职权有膨胀和强化的趋势，这对于树立司法机关的权威是有害的。
（4）我国知识产权的法律制度与TRIPS协议等国际知识产权法律制度的不协调
关贸总协定乌拉圭回合谈判中达成的TRIPS协议，已成为国际知识产权制度的参考基准。我国知识产权的法律制度虽然从总体上讲与该协议是相适应的，但仍有许多不协调。例如，对知识产权的侵权行为，特别是对假冒和盗版行为的打击力度不够，权利人的权力限制过多、过宽，损害了权利人的合法权益，这尤其体现在《著作权法》中。又如，我国还没有把集成电路、地理标志、植物品种等明确地给予法律保护，对驰名商标未明确地给予特殊的法律保护等，这些与TRIPS协议不符。
2．知识经济的发展为各国企业参与国际市场竞争创造了条件，而在激烈的国际市场竞争中要保护企业的竞争优势，保护企业自身的合法权益，也越来越离不开知识产权制度。发达国家深谙此道，动辄借口别国对他们的知识产权保护不力而挥舞制裁大棒。美国声言，因别国侵犯其知识产权，每年给美国造成的损失达数百亿美元。为此，美国不仅大量向外国申请专利，而且很会运用司法程序保护他们的专利等知识产权。
我国的情况与发达国家相比，一是我国在知识产权意识、保护能力和水平上，还存在一定的差距，特别是全社会的知识产权意识还比较薄弱，尤其是许多科研机构和高新技术企业对知识产权的重要性缺乏足够的认识。我国企业的专利申请只占国内申请的30%，而发达国家专利以企业为主体占全部申请量的70%~80%。近年来，我国每年向外国申请的专利只有250多件，而日本、美国的许多大公司每家每年向外国申请专利就达数千件，不向外国申请专利，一些具有相当竞争力的技术和产品出口国外时，就很快被别人仿制，市场竞争优势也就很快失去。二是保护力度不够。我国知识产权的行政执法尚处于起步阶段，司法和行政执法不严格，保护力度不够，严重影响了各行业的发展。三是缺乏保护机制。产权主体，尤其是国内企业不善于运用必要的知识产权策略和管理手段。我国也还没有建立起反映灵活、适应市场经济需要、合理高效的统筹协调知识产权事宜的工作机制。