商号权是商号使用人将其商号依法登记而取得的专用权，而商标权则是法律赋予商标注册申请人对注册商标进行支配的权利。可见两者保护的对象是不同的。但是，根据我国《企业名称登记管理规定》第七条规定：“企业名称应当由以下部分依次组成：字号（或商号）行业或者经营特点、组织形式。”第十条规定：“商号应当由两个以上的字组成。”而我国《商标法》第七条规定：“商标可以由文字、图形以及文字和图形的组合构成。”由此可见，由于商标可以由文字或文字图形的组合构成，便会出现与商号重合的现象，而正是由于这种重合，导致了商号权与商标权的权利冲突。
其主要表现在两个方面：①在先登记的商号权与在后注册的商标权之间发生的权利冲突。即A将B已经登记的商号作为商标进行注册而产生的权利冲突，如北京一家老字号“信远斋”被他人注册为商标由此而引起的诉讼。②在先注册的商标权与在后登记的商号权之间发生的权利冲突。
即A已经将一文字商标进行注册并取得商标权，而B又以与商标中相同的文字作为商号登记，从而产生商标权与商号权的冲突。最典型的例子是蜜雪儿股份有限公司诉蜜雪儿服饰（北京）有限公司侵犯商标权及不正当竞争一案，原告台湾蜜雪儿公司在20世纪70年代创立了“蜜雪儿”品牌，之后又在美国、中国、新加坡等国注册了“蜜雪儿”、“MYSHEROS”文字商标，而蜜雪儿独资企业于1991年又以“蜜雪儿”作为字号进行登记注册，因此产生了商标权与商号权的冲突。由于其他企业以其商标登记为企业名称或以商号注册为商标，则本企业的经营成果可能被他人分享，增大了企业的风险，其企业形象也会因其他企业而受到不良影响，这对于正常经济秩序也会产生危害。