一、专利保护
专利是对创新者给予鼓励的国际通行的知识产权保护制度，在我国以法律的形式予以保护，是最全面、最高级别的保护；其保护的外延最广，既可以保护产品又可以保护产品的制备工艺和新用途。专利保护具有独占性，这是专利保护显著优于其他保护的特征之一。专利保护的目的是为了鼓励发明创造，有利于发明创造的推广应用，促进科学技术进步和创新。因此可以说，专利制度是在市场经济条件下促进科研开发的一种行之有效的激励机制。它既保护专利所有者的利益，又鼓励公众使用创新技术。因此，除对涉及国家安全或者重大利益的发明创造给予保密外，所有专利技术都要向社会公开，以利于新技术的传播。我国自１９９３年１月１日起才对药品实施专利保护，起步较晚。
按照专利法实施细则的规定，同样的发明创造只能被授予一项专利，因此专利权具有独占性。也就是说，专利保护的创新药品是唯一的，其独占性可体现在对市场利益的垄断，包括对创新药品的生产、销售、使用和进口的垄断，其巨大的经济利益是不言而喻的。
二、商标保护
商标是生产经营者或服务提供者用来将自己的货物或服务与他人的相同或类似的货物或服务相区别的一种标志。这种标志用于标记货物或服务的形象，代表货物生产经营者或服务提供者的商誉，是商誉的一种载体。它具有工业产权的性质，是一种通过使用而产生的无形资产，属于知识产权的一种。药品是一种极为特殊的重要商品，其质量的好坏、治疗的效果等，都直接关系到人民身体健康和生命安全，因此我国规定人用药品必须使用注册商标，未经注册不得在市场上销售，即我国商标法对人用药品实行商标强制注册制度。
商标保护的目的是促使生产、经营者保证商品质量和维护商标信誉，以保障消费者和生产、经营者的利益，促进商品经济的发展。药品生产厂家可以通过其药品注册商标保护市场独占权，为其带来巨大的收益；消费者也可以通过注册商标所代表的商品质量和厂家信誉，正确地选择使用安全有效的药品。
我国《商标法》于２００１年进行了第二次修改后，增加了对驰名商标和地理标志的保护，这对传统医药的知识产权保护尤为有益。在中国，传统医药的历史悠久，有一些“老字号”医药企业经过几十年，甚至几百年的发展，早以其高质量的药品和优良的服务享誉海内外，通过《商标法》中的驰名商标对其进行法律保护，将增强对其的保护效力。
三、商业秘密保护
商业秘密是指不为公众所知悉、具有实用性、能为权利人带来经济利益，且权利人已采取适宜保密措施的技术信息和经营信息。商业秘密保护的目的是为了保障市场经济的健康发展，鼓励和保护公平竞争，制止不正当竞争行为，保护经营者和消费者的合法权益。通过商业秘密保护，可以在不公开其技术秘密的条件下保护具有很高的商业价值但却可能因不符合发明专利有关创造性的要求而无法获得专利保护的技术。因此在传统医药领域，选择这种保护方式的企业和个人也较多，中药的商业秘密保护在我国已有数千年历史。特别是从传统医药本身的技术特点来看，有一些药品的生产工艺复杂、技术性强，配方也复杂多样，从产品很难应用反向工程倒推出原料配方和生产工艺，对于具有这种特点的药品来说，商业秘密保护将发挥重要的作用。
商业秘密权保护没有一个具体的保护期，只要权利人采取的保密措施得当，其药品的配方及工艺制法就会在一个较长的时间段内处于保密状态，不断地创造经济效益。