(一)商标权的私权属性为共存协议在商标法中的适用提供了理论前提
商标权为私权，民法中的意思自治原则理应成为商标制度的基本理念。按照意思自治原则，商标权人有权以其个人意愿自由处分其权利。共存协议作为引证商标权人与在后商标申请人之间所达成的合意，其是民法意思自治原则在商标制度中的运用和具体体现，因此其理应得到商标法的尊重和保护。而且，共存协议与商标注册制度在价值追求方面具有高度的一致性。商标共存协议正是引证商标权人与在后商标申请人以合同形式确认和保护商标权的制度设计，只要这一制度选择未危及社会公共利益，商标法就应对其给予必要的尊重和维护，唯有如此方显商标法确认和保护商标权的制度目标。商标法在否定共存协议之于商标注册效力的同时，也在一定程度上也剥夺了消费者的选择权。共存协议下所注册的商标是否会导致消费者混淆，这应该交由消费者来决定，法律不应“越俎代庖”。事实上，在申请商标已实际使用并且具有一定知名度的情况下，即便该商标与引证商标相同或相似，消费者依然能够将其区分开来[4](P20)。此时如果贸然否认商标共存协议的效力显然是不合理的。有鉴于此，我国商标法应及早改变“管理第一，保护第二”的立法理念，适时承认商标共存协议之于商标注册制度的意义。
(二)共存协议之于商标注册的意义为商标法接纳该制度提供了实践基础
1.共存协议的存在有助于节约社会资源。囿于现今的技术及社会发展水平，商标申请人很难准确、完整地检索到所有已注册商标的真实存在状况。毕竟，任何搜索都不可能做到万无一失。在此情况下，其注册的商标就有可能与他人已申请的商标存在相同或近似，由此导致在相同或者类似商品上出现两个相同或相似的商标。
在出现商标相同或近似的情况下，根据我国《商标法》第45条之规定，“自该商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效”。如果在先商标权人行使该请求权，其合法权益固然可以得到有效的尊重和维护。但谁来照顾在后商标权人及社会的整体利益呢？如果在后的商标申请是行为人出于故意而为之的，商标评审委员会根据在先商标权人的申请宣告该注册商标无效自属应当。但在大多数情况下，在后商标权人都是善意的，即其是在不知已有相同或类似商标存在的情况下而提出商标申请的。此时如果宣告该注册商标无效，则不仅对在后商标权人不公平，而且对整个社会而言也是一种资源浪费。如果该在后注册商标已经实际投入生产并取得一定市场知名度，则情况就更加糟糕。有鉴于此，为维护在先商标权人、在后商标申请人及社会的整体利益，商标法有必要在商标注册制度中引入共存协议制度，即允许商标申请人在取得引证商标权人同意的情况下继续使用该商标。
2.共存协议的存在有助于消除潜在的侵权纠纷。大多数的商标侵权诉讼的发生都源于当事人利益分配的不均衡。因而，若要减少或避免商标诉讼案件的发生，首要措施便是确保相关主体利益诉求的有效实现。而商标共存协议便是实现这一诉求的有效途径。在商标申请注册阶段，如果商标法能够为申请商标人和引证商标权人提供充分协调与磋商的机会，为其利益诉求实现提供有效的表达渠道，无疑有助于平衡相关主体的利益关系，从而有效减少甚至避免相关商标侵权案件的发生。正是看到共存协议之于商标注册的积极意义，韩国才考虑在其最新的商标法修改中引入“同意函”制度。根据拟议中的修正案，一旦商标申请人成功地从在先商标注册人或在先申请人那里获得“同意函”，韩国知识产权办公室不得在无其他特殊理由的情况下拒绝商标申请人的申请请求。