我国地理标志保护产生于20世纪80年代中后期。最初的保护，主要是为了履行《巴黎公约》等对地理标志(原产地名称)保护所设定的基本义务。在制度建设的早期阶段，由于国内层面缺乏地理标志法律保护传统，缺乏地理标志产业基础，广大消费者也缺乏对地理标志的认知，再加上相关层面更多是将注意力放在商标、专利和著作权等知识产权保护问题上，以至于我国地理标志法律保护虽早在20世纪80年代中后期就已启动，但却经历较为缓慢的发展过程，未能像著作权、专利和商标的保护那样短期内就取得突破性进展、并建立起较为完善的保护体系。直到2001年，为了加入WTO和履行《TRIPS协议》所设定的地理标志保护义务，我国才正式将地理标志的保护提升到《商标法》的高度。此后，通过多层面的努力推动，我国地理标志保护事业得到快速发展，地理标志产业经济日渐升温，逐步成为引领地方特色产业经济创新发展的重要引擎。
改革开放至今，经过相关层面长期实践探索，其中包括对国际上多种不同地理标志法律保护模式的参考和借鉴，我国在地理标志保护领域逐渐形成现今“两种法律模式并行、三套保护制度同在”的基本面貌。其中，所谓“两种法律模式并行”，是指我国地理标志保护存在商标法与专门法两种并行的法律模式。所谓“三套保护制度同在”，是指我国地理标志保护具体存在以《商标法》等为依据的集体商标和证明商标制度，以《农产品地理标志管理办法》等为依据的农产品地理标志保护制度，和以《地理标志产品保护规定》等为依据的地理标志产品保护制度等。此外，我国《反不正当竞争法》也为地理标志提供补充性保护。
我国学界对地理标志法律保护的关注，大致也始于20世纪80年代中后期。从目前来看，有关地理标志法律保护的研究成果已颇丰，但学界对地理标志的法律性质等基本理论问题，仍未形成一致认识。比如，有观点认为地理标志为“公权”，有观点则认为地理标志属于“私权”。这两种不同观点和认识，实质上是域外两种不同地理标志“设权”路径在国内层面的某种映射，他们既影响了、也反映了当前我国地理标志法律保护的基本面貌。从实践层面来看，在我国现行商标法体系下，地理标志主要通过注册证明商标和集体商标进行保护，依照现行商标法的规定，地理标志商标专用权归地理标志商标注册人所有，因而具有明显的“私权”属性。我国现行专门法保护制度(包括农产品地理标志保护制度和地理标志产品保护制度)为地理标志提供的保护，从产品培育、申报、审批，到后续的使用管理、监督和维权，国家公权力直接介入的痕迹十分明显。符合条件的企业对地理标志的使用，必须向政府部门提出申请，并经过严格的审核、审查和核准。由此在我国专门法保护制度下，地理标志实质上被视为一种“公权”在维护。
我国地理标志保护“两种法律模式并行、三套保护制度同在”的基本面貌，以及学界对地理标志基本理论问题认识的不一致，可以看出，当前我国地理标志法律保护，不仅在制度建设上不够完善，理论研究也还不够成熟。因制度建设不完善和理论准备不充分，目前我国地理标志保护还面临诸多现实困境和难题。