我国现行多套地理标志保护立法，不仅规定多种不同地理标志法律术语和概念内涵，即“地理标志”“农产品地理标志”和“地理标志产品”。同时，现行多套立法对地理标志的保护条件等规定和操作也不一致和不协调，(44)其中存在的比较突出的问题主要表现在以下两个方面。
第一，存在不同程度忽视地理标志的声誉或知名度等问题。地理标志作为一项知识产权保护对象，是一种特定环境下历史形成的客观存在，是一种事实性的特色商品的来源识别标志，且已在市场上具有声誉或知名度。地理标志知识产权保护，极为重要的一个方面即体现为对其已在市场上形成的良好声誉或知名度的制度维护。然而，从我国现行3套地理标志保护立法有关地理标志保护条件的规定来看，均不同程度忽视了这一问题：首先，《农产品地理标志管理办法》完全缺乏对地理标志声誉或知名度的规定，这可以说是该套制度在保护条件方面的最大缺陷。(45)其次，《地理标志产品保护规定》虽然在保护条件上明文规定地理标志产品的知名度要求，但从实践层面的操作来看，同样缺乏对地理标志知名度问题的应有关注。例如，根据国家知识产权局2019年10月8日发布的“关于批准对连江海带等5个产品实施地理标志产品保护的公告(第331号)”，受保护的5个地理标志产品(连江海带、汤阴北艾、溆浦瑶茶、汨罗粽子、忻城糯玉米)在产品保护要求中都具体列明“产品名称”“申请机构”“产地范围”“质量要求(包括品种或原料、立地条件或养殖环境、栽培或养殖管理、加工工艺流程、特色质量、安全及其他质量要求)”“专用标志使用”等保护事宜，其中唯独缺少对相关地理标志产品的声誉或知名度的说明。再次，从《集体商标、证明商标注册和管理办法》与国家商标局和商评委共同发布的《商标审查及审理标准》等的相关规定来看，地理标志商标(包括集体商标和证明商标)的保护条件，同样缺乏对声誉或知名度问题的实质性规定和要求。(46)现行相关立法和实践在地理标志保护条件方面对地理标志的声誉或知名度要素的疏忽或缺失，与地理标志知识产权的内在本质是不相符合的。所带来的最大问题是，相关地理标志要想主张高于普通商标水平的保护，尤其是寻求驰名商标保护，会缺乏相应的合理性依据，这对地理标志的充分保护是比较不利的。作为知识产权保护对象的地理标志，应当是一种因为所识别的特定商品拥有可归因于地理来源的某种品质特色并因此而具有一定的或较高的声誉或知名度的商业标志。缺乏或忽视对声誉或知名度的规定和要求，同时还意味着很多并不符合地理标志保护条件的不合格地理标志，也可能会被不恰当地纳入知识产权的保护范围。持而久之，大量滥竽充数的“虚假”地理标志的存在，最终还可能会破坏地理标志的制度价值。
第二，地理标志商品产区范围划定存在一定缺陷。地理标志与普通商标均为商业标记类知识产权保护对象。但相比普通商标，地理标志的最大特色在于，其主要用来识别那些具有可归因于产地自然人文环境的独特品质的特色产品。因此，地理标志保护区别于普通商标的一个显著方面是，对它的保护还需要划定商品的生产区域范围。而由于产地自然人文环境的差异性，或者说具有唯一性，不同类别的地理标志商品，生产区域范围是不同的。所以，在地理标志保护过程中，尤其是在确权环节，最为复杂和烦琐、最耗费时间和精力的一个步骤，就是划定商品的生产区域范围。比如，法国对原产地名称的保护，每个原产地名称保护区域的划定工作都需要耗时两年以上，审查部门需要实地进行多次考察论证，最后才可能划定科学合理的产品保护区域。从目前我国的情况来看，虽然现行3套保护立法均概括性规定有地理标志商品产区划定要求，但相关规定并不完善，实践中的具体做法也还存在一些需要改进之处。比如，一方面，我国现行3套保护立法对于地理标志商品保护区域划定的规定，都只是抽象地规定地域边界，均存在忽视相关产品的生产、加工、装配等流程的产地限制等问题。另一方面，尽管现行商标法律制度有明确规定，在划定地理标志商品保护区域时，地理标志商品的产区范围不需要跟现行行政区划的名称、范围完全一致，但从实践层面的操作来看，无论是地理标志商标注册，还是农产品地理标志登记，以及地理标志产品保护审批，几乎都是完全采用一定级别的行政区划范围作为划分地域边界的标准。然而，如学者所言，“以行政区划作为地理标志商品产地范围的不合理性是显而易见的。”(47)它忽视了决定地理标志商品独特品质特色的产地环境(包括自然因素和人文因素)并不是以某一级别的行政区划的方式形成的，而是由某一地域范围内众多生产经营者的集体智慧和劳动共同开发的。而且，地理标志所识别的特定商品真正的生产区域范围，还应当是那些已经实际获得地理标志商品的忠实消费者普遍认可的生产区域。因此在地理标志确权等环节，如果不做深入的调查和考证，而完全以行政区划的方式，将那些早已客观形成的地理标志商品的实际产地割裂开来，只允许行政区划范围内的生产经营者使用该地理标志，而不允许行政区划范围以外的生产经营者使用，这既不公平，也有违客观事实。忽视这一问题，不但会引起无休止的地理标志权属纠纷(如“祁门红茶”证明商标案)，同时还可能影响地理标志产业的整体发展，甚至可能破坏地理标志制度价值。