在国际上，上述多种不同地理标志法律保护模式的并行存在，不仅影响地理标志保护的国际协调，也引起学界对地理标志保护路径选择的持久论争。
在国内外学界，既有批评商标法而主张专门法保护的呐喊。比如，有学者认为，“商标保护是一种弱式意义上的制度安排”(37)“采取商标法保护地理标志的方式存在着缺陷。”(38)其无法为地理标志提供全方位保护，因此理想的判式和图景应是专门法进路。与之相反，也有支持商标法保护而批评专门法的声音。比如，有学者认为，地理标志与商标一样，“两者都是来源识别标识、质量和商业利益的集合体，将地理标志看作商标的‘子集’是完全合理的。”(39)如果不切实际地、一味地强调加强立法、通过专门法保护地理标志，实际上是“错把‘法律的堆积’等同于‘声誉的积累’”，对于打造地理标志“声誉”和实现成功的市场营销，证明商标制度作用实难替代。(40)有学者甚至批评，《里斯本协定》原产地名称特殊保护制度是“旧世界哲学和专制主义商业观的代表”。(41)国际上多种不同法律保护模式的并存，以及与之相关的激烈学术论争，充分地体现了地理标志法律保护的复杂性，同时也意味着地理标志国际保护的未来充满更多不确定性。
应当说，学界将各国各地区有关地理标志保护的制度实践大致划分为上述反不正当竞争保护、专门法保护和商标法保护等法律模式，主要是一种类型化的理论归纳，是对各国各地区所采取的主要保护方式的直观认识。本文通过对各国各地区地理标志制度的深入考察发现，无论是采用商标法保护地理标志的国家，还是运用专门法保护地理标志的国家，其实很少存在纯粹地依靠某一单项立法对地理标志进行保护的简单做法，而更多是综合多项保护立法。归纳来看，各国各地区对地理标志所提供的法律保护，通常都采用防御性的行为法保护(如反不正当竞争等)与积极的权利法保护(商标法或者专门法)的结合。不过，在地理标志权利保护问题上，不同国家和地区基于自身法律传统、现实国情和产业利益，形成独立权利保护和商标权保护两种不同“设权”路径。这两种不同“设权”方式，究竟孰优孰劣？理论上也是褒贬不一。从实践层面来看，客观地讲，他们各有优势和局限性。各国各地区不同制度实践的存在充分反映出，某一国家和地区地理标志法律保护模式如何设定，如学者所言，“并不是纯学术问题，而是非常现实的利益衡量和选择问题。”(42)对地理标志究竟应施以专门法保护、还是商标法保护，两者其实“无高下之分，关键是符合各自国情并能够有效实施”。