在民法“法典化”时代，我国地理标志法律保护的根本出路在于，应以《民法总则》为统领，坚持在商标法律制度的基本框架下对现行多套地理标志保护制度作体系化重构。结合实际，本文尝试提出“一依托、两回归、三改造”的基本改进思路。所谓“一依托”，是指以《民法总则》为根本依托；所谓“两回归”，是指选择回归民事权利(“私权”)保护的基本路径，回归商标法保护的基本模式。所谓“三改造”，是指应结合地理标志的特殊性及其与商标的共性特征，以及结合我国现有3套保护制度在实践中所积累的经验，并充分考虑到各自的优缺点，对我国现行多套地理标志保护制度进行体系化改造，具体包括：
第一，改造相关立法，统一规定地理标志的法律概念及保护条件。这方面，从我国3套地理标志保护立法的既有规定来看，《农产品地理标志管理办法》中的“农产品地理标志”概念，由于所界定的产品涵盖范围仅限于农产品，具有很大的局限性，因此以该定义为统领不可取。同时，《地理标志产品保护规定》中误把“地理标志”称为“地理标志产品”，混淆知识产权保护对象与其物化载体(地理标志产品)之间的关系，同样也不可取。相对而言，《商标法》中的“地理标志”术语使用和内涵界定，由于近乎完整地移植《TRIPS协议》的规定，且吸收《里斯本协定》的内容，因此是相对合适的选择。另外，建议在商标法的基本框架下，通过整合《集体商标、证明商标注册和管理办法》《地理标志产品保护规定》和《农产品地理标志管理办法》等部门规章，制定出台统一的“地理标志保护条例”，并将其提升到行政法规层面，对地理标志的保护条件，包括地理标志的声誉或知名度、商品产区范围划定等问题做统一规定。
第二，改造地理标志授权确权制度，整合3套地理标志授权确权体系，健全完善地理标志确权技术审查制度，推动实现地理标志高质量确权，破除地理标志重叠保护及权利冲突等乱象，突出对我国优势地理标志资源的特别保护。这方面，具体可从以下两个层面展开：首先，在商标法框架下，整合3套授权确权体系，建立统一的地理标志确权机制，同时吸收地理标志产品审批和农产品地理标志登记的合理做法，健全地理标志确权技术审查制度，并取消地理标志产品和农产品地理标志的“层级申报审核制”；其次，在商标法框架下，根据不同产品类别，建立地理标志分类注册系统，具体可划分为3类：第一类，针对我国优势地理标志资源，主要包括茶叶、传统医药、白酒、传统工艺品等，建立专门的地理标志注册系统，可继续由目前承担地理标志产品审批职能的国家知识产权局单独管理；第二类，针对我国优势地理标志产品以外的特色农产品和商品，同样建立专门的地理标志注册系统，可继续由现阶段承担农产品地理标志登记职能的农业农村部单独管理；第三类针对上述两套注册系统以外的其他产品类别(包括国外地理标志)，可继续由国家知识产权局商标局直接办理注册。这3套分类地理标志注册系统之间，应当建立统一的注册信息共享和查询平台。针对不同系统组成的地理标志，可以由各分类注册系统分别进行使用管理和监控。这样的好处是，既统一地理标志法律保护模式(包括确权机制)；同时又能够发挥各部门优势，实现对我国地理标志优势资源的特别保护和扶持乡村产业发展。
第三，改造地理标志侵权救济等制度，包括完善地理标志侵权判定标准和损害赔偿认定标准，探索建立、健全和完善地理标志驰名商标保护制度。其中，在探索构建地理标志驰名商标保护制度方面，有两种方案可供选择：第一种是学习借鉴日本商标法上的做法，从立法上直接提高地理标志的保护条件，明确规定地理标志注册需要具有较高的声誉或知名度，进而在相关地理标志获得注册后，可以直接寻求驰名商标保护；第二种是继续沿用现行驰名商标保护制度，同时针对地理标志的特殊性，在地理标志驰名认定的具体标准等方面作特别规定。
通过上述“一依托、两回归、三改造”，以此在我国构建起统一的、立体化的、高效益的、契合我国实际国情的地理标志保护制度。最终之目的在于，让可能成为我国知识产权强项之一的地理标志，在不远的将来真正能够化身为我国知识产权的一个强项，从而能够更好地保障和推动我国地方特色产业经济创新发展，助力实现乡村特色产业的全面振兴。