（一）混淆标准不明确
商标共存协议的目的在于避免商标混淆和商标侵权。在美国商标共存原则中，善意共存使用原则是商标共存的基础，而善意共存使用原则意味着应容忍市场中一定程度的混淆。⑤但这种被默许的“混淆”如何区别于《商标法》中判定商标侵权的“混淆”，在实践中未能有明确的评判标准。我国现行的《商标法》中没有明确提到“混淆”这一商标侵权的标准，只在最高人民法院《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》中第9条和第11条提到了“以消费者的‘误认’或‘混淆’作为判断商标是否‘近似’，以及商品是否‘类似’”。
（二）市场环境复杂多变导致商标共存协议内容难以控制
商标共存协议是合同双方通过约定行业范围、地域范围对同一或近似商标的使用以达到协议避免商标混淆和商标侵权的目的，然而市场环境以及经营者业务变化都会对商标共存协议内容带来很大变化，从而影响商标共存协议的达成或履行。从地域性角度来看，传统的远方使用规则已饱受如今的网络消费的冲击。传统理念，在商标共存中地域范围划分可用地理上远方市场来区分。在互联网时代，网络市场取代了旧观念中的地理上的市场划分，此时，如何界定商标使用的地域范围就成了难题。从某种程度上而言，划分地域范围对于商标共存使用已没有实际意义。从行业范围来看，当合同双方中有一方将其业务拓展至合同未约定的业务领域范围后，原有的商标共存协议对新业务情形下商标使用纠纷没有了存在的价值。若协议中未能通过列举穷尽商标共有领域，则该商标共存协议依旧有很大可能无法有效约束该商标或近似商标在经营者间的使用，无法达到其定争止纷的预期。
（三）违背商标共存协议的救济方式的可选择性弱化了协议的约束效力
一般合同，合同双方当事人违背合同约定，另一方诉请法院追究其违约责任，而以2004年美国联邦第五巡回上诉法院审理的布伦南商标案为例，该案中法院认为原告签订了共存协议但未明确放弃了未按规定使用而主张商标侵权救济的权利，协议本身并非抗辩理由，所以商标侵权请求是合理的。若同时满足违约要件和侵权要件，则应按请求权竞合规则处理。这样的可选择的请求权竞合，在一定程度上背离了人们期望通过意思自治以约定共存替代法定共存的初衷。