虽然我国已有商标共存协议判例，但《商标法》中对于商标共存、商标共存协议及其机制均还处于空白。为有效促进商标共存协议达成，促进商标共存协议达到避免混淆和商标侵权的目的，使其成为解决商标纠纷的有效手段，笔者认为政府应从立法以及行政管理、执法等多个角度建立并加强对商标共存机制监管。
（一）完善《商标法》
想要从根本上解决问题就必须完善《商标法》，弥补立法缺失。其一，要从立法上完善对法定共存的规范，做到法定共存的规范能弥补约定共存的缺失，做到“有约定从约定，无约定从法定”。其二，将商标善意共存与商标侵权判断区分标准更加明晰。依据上文所述，善意共存的基础是存在一定程度的混淆，而实际上，立法中并未规定何种程度可以归类于善意共存条件下的混淆，而何种程度则造成商标侵权的混淆，通过立法明确这两者的界面，有助于在现实中指导司法人员正确判断案件，指导企业及经营者合理选择与使用商标共存协议避免商标纠纷。其三，明确规范并限制商标共存协议的条件与范围，明确商标共存协议效力标准、适用情形、救济原则等。如在网络宣传和线上交易平台情形下，需要与时俱进地从立法上规范商标使用，增加类似商标和违反商标注册申请时地域和行业限制等情形的定义，从而为有效的商标共存协议的制定提供坚实的法律基础。再者，通过立法解释与司法解释以及最高人民法院指导案例等多元化的方式明确实践中相关法条法律适用条件、标准、规则，多维度多角度规范和完善立法，避免法律漏洞。
（二）建立商标共存协议审批与登记备案机制
从行政角度上看，建立一套行之有效的商标共存协议的审批与登记备案机制是解决商标共存机制下商标共存协议问题的当务之急。由于上述的商标共存协议的效力认定上的特殊性，是否对公共利益造成损害是审查审批商标共存协议必要的原因。商标注册审批、商标监管也受经营者之间是否签订商标共存协议的影响。另外，对于某些特殊类别的商标，如驰名商标，由于其在《商标法》中的特殊规定和保护，经营者即使自行约定了地域、行业领域，它也不可跳出法律对驰名商标及其近似商标使用的限制。综合来看，对商标共存协议的审批备案制度能从根本上解决和规避很多因商标共存协议而引发的争议与纠纷，对行政监管是十分必要的。