“微信”商标纠纷案的判决理由引发了巨大争议。其中对于商标先申请这一基础性原则能否发挥其应有作用产生质疑，也引发了市场经济参与者对于遵守法律规则能否带来可预测的收益的担忧。
(一)商标在先申请主义
商标权的原始取得一直以来坚持在先原则。早在六世纪拜占庭帝国国王查士丁尼颁布的《查士丁尼法典》中即规定所有权的先到先得原则。物权法中的先占制度也体现了这一原则。对于无主物，谁先占有，谁就取得该无主物的所有权。在商标在先原则的指引下，由于世界上法系的主要区别，商标的取得方式主要有两种，以德国为首的大陆法系主要的商标获得方式为“先申请主义”，而英美法系主要遵循“先使用主义”来获得商标所有权。商标在遵循“先申请主义”的情况下，通过注册确权具有公示效力，在一定程度上有利于维护社会秩序与公共道德，但是这种确权方式缺乏应对商品经济变化的弹性，但是，这种制度容易使得市场主体产生错误的共识，即只要注册商标，就能坐享商标权利益，因此形成了商标抢注成风的态势。反观商标使用取得制度，使用取得考虑了商品经济发展的多变性，但是实务中很判断实际使用的先后顺序。因此，单一的通过一种商标申请途径势必导致商标取得制度过分僵化。为了弥补先申请主义的不足，一些采取注册取得制度的国家则会选择通过设置反不正当竞争法的相关条款来保护那些未注册商标，以来确认那些通过使用但未将该商标进行注册的市场竞争者的合法权益。
我国坚持“先申请主义”的商标取得制度，在我国《商标法》第32条明确禁止抢注他人已使用但未注册商标的行为，同时该项精神也体现在我国《反不正当竞争法》中，该法在第5条第2款进行了相应的规定。此外，我国商标法还细化规定同一天申请商标注册问题的解决办法。因此，当遇到两个以上(包括两个)申请人在同一天内向商标局申请注册同一个商标的情况时，我国商标法对该商标的所有权归属问题也作出了一系列细化方案。虽然我国商标注册主张保护在先申请者的权益，但并未完全忽视商标在先使用者的合法权益。因此，我国《商标法》虽然规定了先申请主义，但同时也设定了相应的商标无效注册制度。例如我国《商标法》第49条规定的关于三年不使用的注册商标撤销制度和第64条规定的无法证明使用商标和因侵权人使用造成损失即不给予商标注册人损害赔偿的规则。
(二)先申请原则与公共利益
我国商标法确定了商标权“在先申请主义”，即在先申请注册的申请人取得商标所有权。那么在这种情况下，公共利益是否可以成为在先申请原则的例外。
研究物权法可以发现，物权法的先占制度与公共利益相冲突之时就存在例外。如私人利益与国家利益发生冲突之时就衍生了保护公共利益而牺牲私人先占利益的国家征用制度。但是，之所以规定该制度，是因为在某种特殊情况下他人之前合法获得的利益确实有损社会公共利益。而“微信”商标案中，商评委及法院以腾讯公司对商标的在后使用所已经形成公众稳定认知利益等同为为公共利益为理由来驳回商标在先申请人的商标注册申请，认为商标在先申请人如果被核准注册该商标则会产生的不良影响进而影响公共利益，此种认知本文认为存在前提错误，即公众稳定认知利益和改变这种稳定的认知利益所耗费的巨大社会成本是否可以等同为公共利益。由我国《商标法》第一条规定：“为了加强商标管理，保护商标专用权，促使生产、经营者保证商品和服务质量，维护商标信誉，以保障消费者和生产、经营者的利益，促进社会主义市场经济的发展，特制定本法”明确可知，我国《商标法》在加强商标管理的前提下，通过保护商标专用权、维护商标核心即商誉来保障消费者和生产经营者利益，而消费者利益即为本案中所提及的公众稳定认知利益。因此，公众的稳定认知利益仅是《商标法》对商标专用权保护的反射利益，这种反射利益即如同因为城市计划修建地铁，导致地铁线路周边房价大幅上涨，但由于计划变更，原设定的城市地铁线路改变使得周围房屋所有者并没有如愿得到房价上涨的反射利益。同时，商标法保护其利益的方式也主要通过打击假冒商标，防止消费者混淆等方式来维护，并未赋予消费者起诉的权利，如同前述举例中房屋所有者并不能依据这种未得到的反射利益而提起救济。因此在前提条件公众稳定认知利益并不等同于公共利益的情况下，微信案中用并不存在所谓的公共利益来与在先申请人的利益做对比存在前提错误。但本文认为排除“微信”案这一特殊情形，一般情况下公共利益可以成为商标在先申请原则的例外，即商标注册申请人提起商标注册申请请求的时候该商标本身没有有损公共利益，但在审查过程中该商标本身因有损公共利益而不适合作为商标被注册，商标局可以不予注册，或者在今后的使用中该商标成为贬义词汇产生不良影响从而有损公共利益被撤销。
但是，公共利益的产生根源必须为善意。在商标的原始取得方式中，无论是基于申请注册取得还是通过实际使用取得商标应当基于善意。对于商标申请人而言，商标注册申请人必须基于善意进行商标注册申请，在申请注册之前不知道或不应当知道另有他人准备或已经申请或使用商标。我国《商标法》在第15条明确规定了禁止代理人、代表人或业务关系人恶意申请注册和禁止恶意抢注。同时，商标权益者通过实际使用而获得商标所有权也应当本着善意的初衷，关于“微信”商标纠纷案，商标在先申请人创博亚太公司申请注册“微信”商标之后，该商标就处于审查阶段。而依我国现阶段商标注册申请信息迟延公开的现状，导致腾讯公司在不知该商标已提交注册申请的情况下对微信商标进行实际使用。但其随后的大规模使用以至于造成法院所谓的公众稳定认知的格局是否是善意使用呢？我们不妨来分析一下腾讯公司的用户增长时间点。2010年11月2日，创博亚太公司以“微信”文字商标向管辖地商标局提出了第8840949号注册申请，按照商标注册申请查询迟延公开的一般期限6个月来推断，2011年1月21日，深圳市腾讯计算机系统有限公司首次发布微信1.0测试版，则在2011年5月，腾讯公司应已经可以查询到商标在先申请人创博亚太公司的注册申请情况，有相关数据显示，腾讯微信软件在2011年8月即有1500万用户，至2012年3月其用户量激增至一个亿。腾讯公司发布微信属于善意行为，但在可以得知有在先申请人的情况下继续大量推广微信软件的后续行为是否善意则有待推敲。