根据日本商标法第38条规定，日本商标侵权赔偿同我国一样分为三种固定的方式，同时为了保持法律的张力和灵活规定了可以突破规定的赔偿数额的限制，类似于我国酌定赔偿的规定。
从日本商标法第38条第1款的规定来看，实质是弥补商标权人和独占许可人（下文统称为权利人）的积极财产损失，指导思想是让权利人因侵权人转让而造成的损失的市场利润得到弥补。具体方法是侵权产品的转让数量*权利人每单位数量的利润金额作为权利人收到的损失。可以说，这种计算方法十分具体也相当具有合理性。首先从数量上来看，是侵权人的转让数量，不是权利人的销售数量受到侵权人影响的减少量。这种方式更加优越，原因有三，一是权利人销售数量的变化受到诸多因素的影响，比如技术改进、经济环境、政治政策、价格波动等，权利人很难直接证明其销售数量的变化与侵权人的侵权行为有直接因果关系；二是权利人销售数量不一定呈现减少的趋势，即使存在侵权行为，权利人的销售数量也可能因为其他原因而上升，此时难以证明权利人受到损失，如果采取权利人销售数量的减少量作为乘数，无疑不利于权利人的利益保护；三是市场空间不断扩张，侵权人侵害商标权的行为实际上是对商标价值的窃取，这是一种无形的、难以表现的价值，不适宜用权利人销量减少这一基准来衡量权利人实际的损失。前文提到，这一方法的目的在于弥补权利人的积极财产损失，不论侵权人每单位利润小于还是大于权利人每单位的利润，权利人的实际损失依赖于其因侵权行为所失去的潜在的市场。如果依照侵权人的每单位利润计算，在侵权人单位利润极小时不利于保护权利人的地位，也不利于保护商标法防止商标滥用、保护商标专有权的立法目的；侵权人单位利润极大时，权利人的实际损失并没有因此扩大，不会对权利人造成不好的影响。而且对于销售数量有限制性规定，即限定在权利人使用能力的额度内。防止权利人获取过多的利益。商标法第38条第1款实际损失方法计算方式更加具体，并且具有实行可行性和合理性。
日本商标法第38条第2款规定了赔偿的第二种方式——侵权利润方式。具体方法是以侵权人的利润作为商标权人遭受到的损失。这一方法与我国相同，直接将侵权人因侵权行为的利益收入作为赔偿数额，这种方式在上一章已有分析，不再赘述。
日本商标法第38条第3款规定了与使用注册商标相当的、权利人应获得的金额为赔偿数额，实务中一般被认为是相当于许可实施费用的金额，并规定损害金额的最低限度。这一方式和我国商标侵权损害赔偿第三种方式——合理许可费方式相似。但是我国规定允许的是商标许可费的合理倍数，在额度上高于日本的规定。但是日本第38条允许超出许可实施费用的金额，将自由裁量的权力赋予了法官。可以说，第三种方式虽然实务当中和我国的第三种方式很相像，但在其法律规定上看，日本法律规定更具有灵活性。我国直接规定按照商标许可使用费的倍数合理确定，而日本共倾向于选择相当于使用商标的对价的方式。