根据《商标法》第43条第3款的规定，许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。关于备案的程序，根据有关法律法规的要求，备案工作由许可人负责，许可人应当自商标使用许可合同签订之日起3个月内将合同副本报送商标局备案。申请商标使用许可合同备案，应当提交下列书件：（1）商标使用许可合同备案表；（2）商标使用许可合同副本；（3）许可使用商标的注册证复印件。另外，人用药品商标使用许可合同备案，应当同时附送被许可人取得的卫生行政管理部门的有效证明文件。卷烟、雪茄烟和有包装烟丝的商标使用许可合同备案，应当同时附送被许可人取得的国家烟草主管部门批准生产的有效证明文件。外文书件应当同时附送中文译本。备案事项可以委托代理人进行。
商标使用许可合同备案书件齐备，符合《商标法》及《商标法实施条例》有关规定的，商标局予以备案。已备案的商标使用许可合同，由商标局向备案申请人发出备案通知书，并集中刊登在每月第二期《商标公告》上。对已备案的商标使用许可合同，任何单位和个人均可以提出书面查询申请。结合以上规定可见，备案起到了公示的作用，这也是经过备案的商标使用许可权可以对抗第三人的原因。
根据2013年《商标法》第43条第3款和《商标纠纷解释》第19条的规定，使用许可合同的备案不影响商标许可使用合同本身的效力，但商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。这里所谓的“不得对抗善意第三人”，如果所授予的商标使用许可是独占性的或者排他性的，之后善意第三人又与商标权人签订独占性的或者排他性的商标使用许可，则根据该解释，第一个独占使用许可人或者排他使用许可人不得向第三人（即第二个独占使用许可人或者排他使用许可人）主张他的优先效力。在善意第三人与商标权人签订普通使用许可的情形亦同。但是，如果善意第三人与商标权人签订独占性的或者排他性的商标使用许可，并经过备案，那么，该善意第三人能否主张第一个独占使用许可或者排他使用许可无效。就此，法律以及司法解释并未作出规定，所以可以说此处存在一个“法律漏洞”。在案例1中，2004年甲将商标许可给乙使用，约定乙享有独占使用许可权，期限为3年，该合同经过商标局备案。2006年，甲自己在其生产的同种商品上使用“虹美”商标。甲的这一行为构成违约，乙可以向甲主张实际履行合同，并作出违约损害赔偿。甲与丙签订合同，许可丙在同种商品上使用“虹美”商标。乙的独占使用许可权经过备案，具有类似物权的效力，可以向丙主张停止侵权，并要求损害赔偿。丁未经甲的许可，在同种商品上使用“虹美”商标。除了甲可以向丁主张侵权损害赔偿之外，乙也可以向丁主张侵权损害赔偿。