商标权的海关保护，又称为商标权保护的边境措施，是指海关依法制止侵犯商标权的货物进出境的措施。海关作为货物进出口的监督管理机关，对商标权的保护具有重要的意义，它可以有效地制止侵犯商标权的货物进口和出口，保护商标权人的合法权益，维护国际贸易秩序。
我国于1995年颁布了《知识产权海关保护条例》，2003年通过了新的《知识产权海关保护条例》，该条例在2010年修订。根据该条例的规定，商标权的海关保护主要有海关备案和侵权嫌疑货物的扣留与处理两部分的内容。
（一）海关备案
备案是商标权海关保护中非常重要的一项制度，它为海关监管进出口货物是否侵犯商标权提供了便利条件。如果海关在进出口业务中发现了侵犯商标权嫌疑的，应当立即书面通知商标权人，由商标权人向海关提出申请扣留侵权嫌疑货物，从而启动海关保护程序。当然，备案并非商标权人获得海关保护的条件。
商标权人可以将其商标权向海关总署申请备案。申请备案时应当提交申请书，申请书应当包括下列内容：（1）权利人的名称或者姓名、注册地或者国籍等；（2）商标权的名称、内容及其相关信息；（3）商标权许可行使状况；（4）商标权权利人合法行使商标权的货物的名称、产地、进出境地海关、进出口商、主要特征、价格等；（5）已知的侵犯商标权货物的制造商、进出口商、进出境地海关、主要特征、价格等。
海关总署自收到全部申请文件之日起30个工作日内，作出是否准予备案的决定，并书面通知申请人；不予备案的，应当说明理由。有下列情形之一的，海关总署不予备案：（1）申请文件不齐全或者无效的；（2）申请人不是商标权利人的；（3）商标权不再受法律、行政法规保护的。
商标权海关保护备案自海关总署准予备案之日起生效，有效期为10年。商标权人可以在商标权海关保护备案有效期届满前6个月内，向海关总署申请续展备案。每次续展备案的有效期为10年。商标权海关保护备案有效期届满而不申请续展或者商标权不再受法律保护的，商标权海关保护备案随即失效。
商标权备案情况发生改变的，权利人应当自发生改变之日起30个工作日内，向海关总署办理备案变更或者注销手续。商标权人未依照前款规定办理变更或者注销手续，给他人合法进出口或者海关依法履行监管职责造成严重影响的，海关总署可以根据有关利害关系人的申请撤销有关备案，也可以主动撤销有关备案。
（二）侵权嫌疑货物的扣留与处理
侵权嫌疑货物的扣留与处理的具体程序包括：
1.申请扣留侵权嫌疑货物。商标权人发现侵权嫌疑货物即将进出口的，可以向货物进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请。海关发现进出口货物有侵犯备案商标权嫌疑的，应当立即书面通知商标权人，商标权人自通知送达之日起3个工作日内向海关提出申请。
商标权人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，应当提交申请书及相关证明文件，并提供足以证明侵权事实明显存在的证据。申请书应当包括下列主要内容：（1）商标权人的名称或者姓名、注册地或者国籍等；（2）商标权的名称、内容及其相关信息；（3）侵权嫌疑货物收货人和发货人的名称；（4）侵权嫌疑货物名称、规格等；（5）侵权嫌疑货物可能进出境的口岸、时间、运输工具等。侵权嫌疑货物涉嫌侵犯备案商标权的，申请书还应当包括海关备案号。
商标权人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，应当向海关提供不超过货物等值的担保，用于赔偿可能因申请不当给收货人、发货人造成的损失，以及支付货物由海关扣留后的仓储、保管和处置等费用。
2.扣留侵权嫌疑货物。商标权人提交了符合条件的申请，并按规定提供担保的，海关应当扣留侵权嫌疑货物，书面通知商标权人，并将海关扣留凭单送达收货人或者发货人。收货人或者发货人认为其货物未侵犯商标权人的商标权的，应当向海关提出书面说明并附送相关证据。商标权人在向海关提出采取保护措施的申请后，可以依照《商标法》的规定，就被扣留的侵权嫌疑货物向人民法院申请采取责令停止侵权行为或者财产保全的措施。
有下列情形之一的，海关应当放行被扣留的侵权嫌疑货物：（1）商标权人申请扣留侵权嫌疑货物的，海关扣留之日起20个工作日内未收到人民法院协助执行通知的；（2）海关发现进出口货物有侵犯备案商标权嫌疑而书面告知商标权人，商标权人申请扣留侵权嫌疑货物，自扣留之日起50个工作日内未收到人民法院协助执行通知，并且经调查不能认定被扣留的侵权嫌疑货物侵犯商标权的；（3）海关认为收货人或者发货人有充分的证据证明其货物未侵犯商标权的；（4）在海关认定被扣留的侵权嫌疑货物为侵权货物之前，商标权人撤回扣留侵权嫌疑货物的申请的。
3.调查、认定是否侵犯商标权。海关发现进出口货物有侵犯备案商标权嫌疑并通知商标权人后，商标权人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，海关应当自扣留之日起30个工作日内对被扣留的侵权嫌疑货物是否侵犯商标权进行调查、认定；不能认定的，应当立即书面通知商标权人。海关对被扣留的侵权嫌疑货物及有关情况进行调查时，商标权人和收货人或者发货人应当予以配合。
海关实施商标权保护发现涉嫌犯罪案件的，应当将案件依法移送公安机关处理。
4.处置侵权货物。被扣留的侵权嫌疑货物，经海关调查后认定侵犯商标权的，由海关予以没收。海关没收侵犯商标权货物后，应当将侵犯商标权货物的有关情况书面通知商标权人。
被没收的侵犯商标权货物可以用于社会公益事业的，海关应当转交给有关公益机构用于社会公益事业；商标权人有收购意愿的，海关可以有偿转让给商标权人。被没收的侵犯商标权货物无法用于社会公益事业且商标权人无收购意愿的，海关可以在消除侵权特征后依法拍卖，但对进口假冒商标货物，除特殊情况外，不能仅清除货物上的商标标识即允许其进入商业渠道；侵权特征无法消除的，海关应当予以销毁。