工商行政管理部门负责对商标权进行行政保护。工商行政管理部门既可以依职权主动对侵犯商标权的行为进行执法，也可以根据举报或权利人的请求对侵犯商标权的行为进行查处。
工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人商标权的行为进行查处时，可以行使下列职权：（1）询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况；（2）查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；（3）对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查；（4）检查与侵权活动有关的物品；对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。工商行政管理部门依法行使职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。
工商行政管理部门认定侵犯商标权的行为成立，有权责令侵权行为人承担下列行政责任：（1）立即停止侵权行为；（2）没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具；（3）行政处罚。违法经营额5万元以上的，可以处违法经营额5倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足5万元的，可以处25万元以下的罚款。对5年内实施两次以上侵犯商标权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
工商行政管理部门对侵犯商标专用权的赔偿数额，可以进行调解。经工商行政管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。