商标侵权中承担民事法律责任的主要方式为停止侵害、赔偿损失。承担停止侵害的民事责任，并不要求侵权人主观上具有过错。
赔偿损失的数额确定很关键，我国《商标法》第63条规定，侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的1倍以上3倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽力举证，而与侵权行为相关的账簿、资料主要由侵权人掌握的情况下，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料；侵权人不提供或者提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据判定赔偿数额。权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予300万元以下的赔偿。
关于这几种赔偿计算方式的关系，最高人民法院《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》曾在第13条规定，人民法院确定侵权人的赔偿责任时，可以根据权利人选择的计算方法计算赔偿数额。其中，侵权所获得的利益，可以根据侵权商品销售量与该商品单位利润乘积计算；该商品单位利润无法查明的，按照注册商标商品的单位利润计算；因被侵权所受到的损失，可以根据权利人因侵权所造成商品销售减少量或者侵权商品销售量与该注册商标商品的单位利润乘积计算。侵权人因侵权所获得的利益或者被侵权人因被侵权所受到的损失均难以确定的，人民法院可以根据当事人的请求或者依职权适用法定赔偿数额。人民法院在确定赔偿数额时，应当考虑侵权行为的性质、期间、后果，商标的声誉，商标使用许可费的数额，商标使用许可的种类、时间、范围及制止侵权行为的合理开支等因素综合确定。当事人依法就赔偿数额达成协议的，应当准许。但2013年《商标法》显然已经确定了损害赔偿计算方式的顺序，即先以实际损失计算；若实际损失无法计算的，则以侵权获益计算赔偿；若损失和获益都无法确定的，则参照商标许可使用费的倍数确定；如果损失、获益和商标许可使用费都难以确定的，再通过法定赔偿额来确定。
2013年《商标法》不仅确定了损害赔偿计算方式的顺序，同时还在商标侵权责任中首次引进了惩罚性赔偿制度，在处理恶意侵权、情节严重的侵权案件时，赔偿额可以提高到正常赔偿额的1到3倍。
关于法定赔偿金，2013年《商标法》也提高了上限额度，从原来的50万元，提高到了300万元。这样，商标侵权法定赔偿数额已经超过了《专利法》中规定的100万元的法定赔偿金的上限。不论是惩罚性赔偿制度的引进，还是提高法定赔偿额的上限，均显示了我国《商标法》遏制商标侵权、营建良好的市场秩序的决心。
制止侵权行为所支付的合理开支，包括权利人或者委托代理人对侵权行为进行调查、取证的合理费用。人民法院根据当事人的诉讼请求和案件具体情况，可以将符合国家有关部门规定的律师费用计算在赔偿范围内。