欧盟商标注册程序和我国商标注册程序没有实质性区别，也要经过申请、审查、检索、公告、异议、注册、无效或撤销等阶段，但由于欧盟商标涉及跨管辖区的商标注册问题，又在一些阶段体现出特殊性。
（一）申请
（二）审查
欧盟知识产权局收到申请后就出具一个收据，并开始审查程序。在申请符合最低要求时确定申请日，核对商品和/或服务的分类。发现拒绝注册的绝对理由的，则驳回申请，否则接受商标注册申请。在任何阶段，如发现问题，欧盟知识产权局都会向申请者发出反对意见书，要求申请人补充。申请人不补充则视为申请暂时被驳回。对相关驳回决定不服的，当事人可以上诉至上诉委员会。
（三）检索
对欧盟商标申请启动审查后，欧洲知识产权局会提出欧盟检索报告（European Union SearchReport）。除欧盟检索报告外，还有成员国国内检索报告。在申请人提出进行成员国国内检索并缴纳相关费用后，欧盟知识产权局须及时将其申请及请求转到成员国知识产权主管机关，以便其进行相关检索。
（四）公告、评估、异议
一旦欧盟商标申请被接受，国内和欧盟检索报告发给申请人，就会在《欧盟商标公告》上进行公告，而后是3个月的异议期。
欧盟商标申请公告后，第三方可以因商标存在拒绝注册的绝对事由而提出评估（observations）。但第三方不会作为欧盟知识产权局程序的当事人。欧盟知识产权局决定评估是否有根据，如果有根据则会发给申请人，要求其提出意见。
欧盟商标申请公告后，如果存在拒绝商标注册的相对理由，则第三方可以向欧盟知识产权局提出异议。异议处理机构为上诉委员会；如果申请人或异议人对上诉委员会的决定不服，还可以起诉到欧洲普通法院（European General Court）乃至欧洲法院（ECJ）。
（五）无效及撤销
欧盟知识产权局对商标撤销和无效申请具有专属管辖权，但是，欧盟成员国国内指定的欧盟商标法院（European Union Trademark Courts）在审理案件时，如遇到侵权诉讼中涉及反诉欧盟商标无效或应被撤销的，也可以宣布商标无效或被撤销。欧盟商标法院是各成员国指定的本国国内法院，这些法院对有关欧盟商标的纠纷在成员国内享有专属管辖权。从审级来看，成员国同时指定欧盟商标法院一审法院和欧盟商标法院二审法院。欧盟商标法院与欧洲知识产权局及欧盟法院相互配合，保障欧盟商标在欧盟范围内权利的实现。
（六）上诉
不服欧洲知识产权局决定的人可以向上诉委员会提出上诉，上诉期限为收到决定后的两个月。上诉以上诉通知（Notice of Appeal（NoA））的形式提出；在收到不服的决定后4个月内，上诉人提交理由陈述（Statement of Grounds（SoG））。上诉通知和理由陈述都必须以书面形式提出，而且必须以针对的决定所使用的语言提出。
收到理由陈述后，上诉委员会的登记处（the Registry of the Boards）将上诉转给作出原来决定的机构，由其决定是否修改原来的决定，或者在认为上诉不成立时将上诉移交给上诉委员会。
上诉委员会对上诉进行审查的程序分两种情况，一为不存在对方当事人的情况，一为存在对方当事人的情况。
1.上诉的审查：不存在对方当事人的情况（Ex-Partes Cases）
如果上诉不存在对方当事人，而上诉所针对的决定的作出机构认为上诉是有根据的，可以接受的，则该机构可对决定作出纠正。如果作出决定的机构未在收到理由陈述的一个月内纠正其决定，则无需对上诉作出任何价值判断，须立即将其转到上诉委员会。
2.上诉的审查：存在对方当事人的情况（Inter-Partes Cases）
如果上诉存在对方当事人，而上诉所针对的决定作出机构认为上诉是有根据的，且可以接受，则其可对决定进行纠正。但决定作出机构必须通知对方当事人，而且仅在对方当事人收到通知后两个月内接受该纠正决定时，决定才得以纠正；否则，该上诉必须立即移交上诉委员会。若作出决定的机构认为上诉没有根据，也可在收到理由陈述的一个月之内将上诉直接移交到上诉委员会。
上诉委员会对上诉进行审查后，可以将决定发回原来作出决定的机构，由其作进一步审查，也可以直接作出具体决定。
对上诉委员会决定不服的，在收到决定后两个月内，当事人可以向欧洲普通法院起诉。对欧洲普通法院适用法律的有关问题不服的，当事人还可以向欧盟法院上诉。欧盟法院可以维持、撤销或改变上诉委员会的决定。
（七）欧盟商标续展
和我国商标续展的程序一样，欧盟商标也可以续展，为此，商标权人享有6个月的续展期和6个月的宽展期。
欧盟商标续展要缴纳续展费，如果是一般商标，每件商标缴纳1000欧元续展费；如果通过网络申请续展则为850欧元；在第二种商品或服务上申请续展的，加收50欧元；在第三种及以上商品或服务上申请续展的，每类另加150欧元。如果为集体商标，续展费为每件商标1800欧元，网络申请续展的基础费用为1500欧元，在第二种商品或服务上申请续展的，加收50欧元；在第三种及以上商品或服务上申请续展的，每类另加150欧元。如果是在宽展期提出续展申请的，或者是迟延缴费的，则加收25%手续费，1500欧元封顶。
注册欧盟商标的优势首先体现为程序简单，只需要一个单一注册程序，即通过一种语言提出一个申请、由一个行政管理中心受理并对申请文件进行管理。其次，欧盟商标效力范围广，它在欧盟28个成员国内享有专有权，随着欧盟规模的扩大，欧盟商标还会自动延伸保护到新参加的成员国，而不必通过任何手续或缴纳额外费用。
但对大多数国内企业来说，申请欧盟商标也要考虑申请成本，因为成功获得欧盟商标注册需要缴纳申请费和注册费。以目前的标准来看，通过网上提交电子申请的申请费是每件850欧元，在第二种商品或服务上申请同一商标的，加收50欧元，在第三种及以上商品或服务上申请同一商标的，每类加收150欧元。纸面申请底价为每件1000欧元，在第二种商品或服务上申请同一商标的，加收50欧元，在第三种及以上商品或服务上申请同一商标的，每类加收150欧元。另外，申请人还需要缴纳检索报告的费用。