1．善意或在先使用的例外
《知识产权协定》第24条第4款规定了这一例外。此处所说的在先使用是指1993年12月15日之前，已使用了某个其他成员的地理标志，且至少使用10年以上。此处所说的善意使用是指在1993年12月15日(部长级会议结束乌拉圭回合谈判之日)之前非恶意地已进行使用。善意使用或者在先使用只要具备其中的任何一个，就可以享有这种例外。
2．善意注册的例外
《商标法》第16条规定，商标中有商品的地理标志，而该商品并非来源于该标记所标示地区，误导公众的，不予注册并禁止使用；但是，已经善意取得注册的继续有效。《知识产权协定》第24条第5款规定，在协议第六部分规定的三种不同类型的成员(发达、发展中、最不发达)适用此协议的过渡期之前，或某个地理标志的来源地开始保护该标记之前，已善意地获得某个商标的注册，而该商标与上述地理标志相同或近似。对此，协议不妨碍权利人行使其商标权。该条例外还适用于在上述日期之前已善意申请注册的人，以及通过善意使用获得了商标权的人(采取使用主义的国家)，行使他们应有的权利。
3．通常用语的例外
《知识产权协定》第4条第6款规定，如果通常用语只因与某个受保护的地理标志相同，就禁止一般人使用它，会显得不合理。例如，小写的“china”，在许多英语国家是“瓷器”的通用语，不能因其又是“中国”的意思，就不允许一般人在瓷器商品上使用了。固然“瓷器”也可以用“porcelain”表示，但如果仅仅因为地理标志的关系而限制“china”的用法，显然是行不通的。还有一些商品，其原有的地理标志可能是专指的(仅指来源于该地并在特点上与该地有关的商品)，但人们用久了，也会进入通常用语的领域。例如“武昌鱼”，现在许多人都将其用来泛指一种鳊鱼，即使那鱼并不产于“武昌”。同理，“汉堡包(hamburger)”也只是刻画了一种夹肉的面包，并不意味着该产品出自德国北部著名的城市汉堡。
4．名称权例外
这种例外是指人们有权在贸易活动中使用自己的姓名或者自己企业或公司的名称。在这种情况下，即使它们与某个受保护的地理标志相冲突，仍可继续使用。但如果地理标志受保护在前，命名或更名在后，则不适用这一例外。此项例外以不导致公众的误认为限。
5．来源国不保护或已停用的例外
如果某个成员国对它原来保护的某个地理标志停止保护了，这说明该国已将它从专有领域释放到公有领域之中；如果某个国家对在其国内的地理名称从来就不给予保护，则说明其自始处于公有领域；如果某个成员国原有的地理标志，后来本国都不用了，再要求他人不使用这些名称，仍将其作为地理标志去保护，就不合理了。
6．其他合理限制
除了上述五个方面的例外之外，可能还有其他例外。例如，我国《商标法》第10条第2款规定：“县级以上行政区划的地名或者公众知晓的外国地名，不得作为商标，但是地名具有其他含义的除外。”这一规定的前半部分，显然是防止任何人将地理名称作为商标注册后独占该地理标志，然而后半部分就是一种例外。例如，“黄山”首先是一座名山的名称，然后才是安徽省黄山市的行政区划名称，也就是“黄山”具有行政区划名称之外的含义，因此，“黄山”可以被注册为商标使用。