保护地理标志最本质和最核心的内容应该是地理标志的管理者和使用者要保证使用地理标志产品的特色和质量。我国国家质检总局统一管理全国的地理标志产品保护工作。使用地理标志产品专用标记，必须依照规定经注册登记，并接受监督管理。
1．申请及受理
地理标志产品保护申请，由当地县级以上人民政府指定的地理标志产品保护申请机构或人民政府认定的协会和企业(以下简称申请人)提出，并征求相关部门意见。申请保护的产品在县域范围内的，由县级人民政府提出产地范围的建议；跨县域范围的，由地市级人民政府提出产地范围的建议；跨地市范围的，由省级人民政府提出产地范围的建议。出口企业的地理标志产品的保护申请向本辖区内出入境检验检疫部门提出；按地域提出的地理标志产品的保护申请和其他地理标志产品的保护申请向当地(县级或县级以上)质量技术监督部门提出。省级质量技术监督局和直属出入境检验检疫局，按照分工，分别负责对拟申报的地理标志产品的保护申请提出初审意见，并将相关文件、资料上报国家质检总局。
2．审核及批准
国家质检总局按照地理标志产品的特点设立相应的专家审查委员会，负责地理标志产品保护申请的技术审查工作。国家质检总局对收到的申请进行形式审查。审查合格的，由国家质检总局在国家质检总局公报、政府网站等媒体上向社会发布受理公告；审查不合格的，应书面告知申请人。有关单位和个人对申请有异议的，可在公告后的2个月内向国家质检总局提出。国家质检总局组织专家审查委员会对没有异议或者有异议但被驳回的申请进行技术审查，审查合格的，由国家质检总局发布批准该产品获得地理标志产品保护的公告。
3．标准制定及专用标记使用
拟保护的地理标志产品，应根据产品的类别、范围、知名度、产品的生产销售等方面的因素，分别制定相应的国家标准、地方标准或管理规范。国家标准化行政主管部门组织草拟并发布地理标志保护产品的国家标准；省级地方人民政府标准化行政主管部门组织草拟并发布地理标志保护产品的地方标准。地理标志保护产品的质量检验由省级质量技术监督部门、直属出入境检验检疫部门指定的检验机构承担。必要时，国家质检总局将组织予以复检。
地理标志产品产地范围内的生产者使用地理标志产品专用标记，应向当地质量技术监督局或出入境检验检疫局提出申请，并提交以下资料：(1)地理标志产品专用标记使用申请书。(2)由当地政府主管部门出具的产品产自特定地域的证明。(3)有关产品质量检验机构出具的检验报告。该申请经省级质量技术监督局或直属出入境检验检疫局审核，并经国家质检总局审查合格注册登记后，发布公告，生产者即可在其产品上使用地理标志产品专用标记，获得地理标志产品保护。
应该指出的是，双轨制存在很多弊端。首先，出现部门管理上的冲突。在我国，国家工商行政管理总局商标局多年来一直承担着原产地证明商标的注册和管理工作，而国家质检总局作为产品保护工作的主管部门，负责组织对地理标志产品保护申请进行审核、确认保护地域范围、产品品种注册登记等管理工作。双方之间的职责划分不够明确，既会出现无人问津的灰色领域，也会发生职权的交叉和碰撞。其次，地理标志权的权利人行使权利时会出现不必要的麻烦。按照现行规定，地理标志作为证明商标或集体商标公示后，其公信力已经很强，提起申请的协会可享有商标权，地理标志的权利人只要向商标权人申请该证明商标或集体商标，就足以公示其作为地理标志权利人的身份。但却不能保障地理标志的产品的质量，为此，又必须向国家质检总局提出产品质量标准的申请，才可以在地理标志产品上使用该地理标志，程序比较烦琐。因此，有必要对现有地理标志申请注册及产品审查程序进行改革。