种业知识产权除了具有知识产权的一般特征，即专有性、地域性、时间性、无形性、可复制性（何忠伟和隋文香，2009），还具有一些与种子产业的基本特征相联系的特有特征。
(1)权利主体的难以控制性。
由于农业生产相当分散，种业知识产权的权利主体在一些权利领域内是难以控制的，如植物新品种权，对于权利义务人而言更是如此。农业生产者即农民作为权利义务人，受传统农业体制和自身素质的影响，知识产权意识非常淡薄，难以承担应尽的知识产权义务。
(2)价值标准的不确定性。
种业知识产权是知识形态的智力成果，它的研制、开发不像有形资产的生产那样有一定的标准、固定的模式和一定的消耗定额可以计量。同时，种业知识产权的形成过程，与整个农业自然环境相联系，农业生产是一个自然与经济的交互过程，具有很多不确定的动态影响因子，在这样一个过程中形成的种业知识产权很难用确定的标准去衡量。
(3)提供收益的不确定性。
种业知识产权作用的发挥也会受到农业生产自然条件的约束，在相关条件适宜的情况下，企业可以凭借所拥有的知识产权创造的竞争优势去获得一定的经济利益；如果自然条件发生变化，收益能力就会受到严重的影响。因此，种业知识产权提供的未来收益难以准确计量。
(4)侵权界限的模糊性。
受农业生产周期及农业资源分散的影响，种业知识产权的侵权界限难以确定。在以家庭联产承包责任制为主体的中国农村，侵权界限更加模糊。
(5)种业知识产权的风险性。
种业知识产权风险主要包括：第一，自然风险。农业生产受自然环境的影响，不可控因素多，种业知识产权在形成过程中面临较大风险。第二，市场风险。种子生产受自然因素影响大，供给弹性小，难以根据市场变化及时调整生产面积，加之种子的生物学特性对加工、储藏、运输、销售要求较高，种业知识产权在生产和经营过程中具有较大的市场风险。