种业知识产权的范围主要包括植物新品种权、专利权、商标权、商业秘密、著作权、地理标志、商号权等。植物新品种权是植物育种者权利，是由植物新品种保护审批机关依照法律、法规的规定，赋予品种权人对其新品种的排他独占权。专利权是指国家专利管理机关依法授予专利申请人对其发明创造在一定期限内享有的独占权，包括发明、实用新型和外观设计。商标权是商标所有人对其商标的使用享有的支配权。商业秘密是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。著作权即版权，是指著作权人对其文学、艺术和科学作品依法所享有的财产权利和精神权利的总称。地理标志是指标示某商品来源于某地区，该商品的特定质量、信誉或其他特征主要由该地区的自然因素或人文因素所决定的标志。商号权是指企业对自己使用的营业标志依法享有的专用权(吴汉东，2009)。
从种子产业链的先后顺序来看，种业知识产权保护在以下三个阶段包含相应的内容（张劲柏等，2009）。
(1)科研育种阶段。
从计划培育某一植物新品种开始，到实际培育出该植物新品种为止，整个培育过程中，主要涉及商业秘密和著作权的保护。商业秘密主要包括种质资源、育种材料、亲本、育种技术方案、试验材料数据等商业信息，而在此期间发表的相关论文及专著则形成著作权。
(2)申请和获得植物新品种权及育种专利的阶段。
这一阶段是指从植物新品种培育出来到获得植物新品种权和育种专利为止。其涉及的内容主要包括对新品种权和育种专利申请权的保护，以及对新品种权和育种专利本身的保护。其中，育种专利权主要集中在育种技术和基因专利两方面。在此阶段，如果同时申请了其他类型的专利权（如在美国，植物新品种权可以申请普通专利或者植物专利权），则对于其他类型的专利权也进行保护。
(3)种子的生产经营阶段。
种子生产经营阶段的知识产权保护主要是发挥新品种权和育种技术专利的保护作用。同时，对于商业秘密、商标、商号、知名品种的名称、种子包装等也应采取相应的法律手段加以保护。在法律关系中还会涉及许可合同和转让合同纠纷等问题。因此这个阶段是种业知识产权保护中法律问题最集中的阶段，也是种子企业、育种者最终实现自己的利益和社会价值的阶段。
由于商标权、商业秘密、著作权、地理标志、商号权等属于通用知识产权，而植物新品种权和育种专利属于种业特有的知识产权，为了提高研究的针对性和有效性，本书仅以植物新品种权和育种专利为研究对象。