为吸引更多的国家参加《马德里协定》体系，世界知识产权组织于1989年主持缔结了《关于马德里协定的议定书》，简称《马德里议定书》，该议定书于1995年12月1日生效。《马德里协定》和《马德里议定书》原则相同，执行的机构相同，但在法律上是两个独立的文件，加入的国家也不完全相同。截止到2004年12月31日，《马德里议定书》的缔约国总数为66个。中国于1995年12月1日成为其成员国①。

在内容上，《马德里议定书》是对《马德里协定》的补充，为申请人注册商标提供了更多的便利。与《马德里协定》相比，《马德里议定书》在注册申请条件、审查周期、国际注册与原属国注册的关系、拒绝期限等方面都进行了较大的改进和补充。最突出的几个改进是：

(1)《马德里议定书》放宽了申请国际注册的条件。除在原属国已获得注册的商标外，对于已经提出申请但尚未获得注册的商标也可以申请国际注册。

(2)《马德里议定书》延长了成员国提出拒绝保护的期限，由《马德里协定》规定的1年延长为18个月。

(3)《马德里议定书》还增加了国际申请所使用的语言种类，由《马德里协定》的法语改为英语和法语等。

(4)《马德里议定书》增加了一项新规定，即国际注册因原属国的基本注册被宣告无效而被国际局撤销时，申请人可向原国际注册生效的国家申请国家注册，以国际申请日为申请日。