(一)延伸保护

国际局收到申请后，只进行形式审查，通过审查后予以注册，同时在国际局出版的刊物上进行公告。通过国际注册并不能使该商标在缔约国内自动受到保护，根据《马德里协定》的规定，申请人必须明确提出领域延伸的要求，指定了要求保护的国家，才得以延伸至该国。这种要求应在提出注册申请时一并提出。当然，还有一个前提是有关指定国没有根据协定第5条进行拒绝。

《马德里协定》第4条规定，商标在每个成员国的保护，应如同该商标直接在该国提出注册的一样。在国际局的商标注册的有效期为20年，并可根据协定第7条规定的条件予以续展。

(二)各国注册当局的拒绝

国际局对商标国际申请的注册并不能代替各国注册当局的注册。各国注册当局在接到国际局的注册通知之后，可在一定时间内加以拒绝，拒绝予以保护。《马德里协定》第5条第1款对拒绝的理由作出了具体规定，即某一商标注册或所作的延伸保护的请求经国际局通知各国注册当局后，各国注册当局有权声明在其领土上对这种商标不能给予保护。根据《巴黎公约》，这种拒绝一般只能以对·申请本国注册的商标同样适用的理由为根据。此外协定第5条还规定了拒绝的时间、条件、效力、法律救济等。

(三)国际保护与原属国保护的关系

按照《马德里协定》第6条第3款的规定，自国际注册的日期开始5年之内，如果该商标在原属国已全部或部分不复享有法律保护时，则国际注册所得到的保护不论其是否已经转让，也全部或部分不再产生权利。由此可见，商标国际注册的法律效力，在国际注册开始的5年内，与原属国的国家注册还存在着依存关系，需要以其在原属国所受的法律保护为基础。在此期间如果商标在原属国因各种原因不受保护，则该商标在受国际注册保护的一切国家也丧失保护。协定第6条第2款规定，自国际注册的日期开始满5年后，国际注册即与原属国注册的国家商标无关。此时，国际注册不再依存原属国的注册，而取得了完全独立。