按照《反不正当竞争法》的规定，赔偿额的计算有两种：权利人的损失或侵权人的利润。但在实践中，全部赔偿原则往往得不到最终落实，对赔偿额的量化计算缺乏标准，存在“十赔九不足”的现象，甚至在现有的补偿性赔偿制度下，侵权人在承担了损害赔偿责任后，仍存在盈利可能性，威慑力不够。

同时，在实践中，企业职工（包括在职的、临时的、离退休的、“跳槽”的和“自立门户”的）因工作关系有机会接触到商业秘密，其侵权行为是企业商业秘密流失的一个重要渠道，而《反不正当竞争法》对此无明确规定，国家工商行政管理局在《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》中进一步作出了细化规定，为这类行为的查处提供了依据。但实践中对内部职工的处罚还是不够，多以内部处分取而代之。而这项工作与人才市场的发育完善程度有着密切的关系。使开放的人才市场能够在一个相对完善的法制框架中规范运行，这也是保护商业秘密、避免其非法流失的一条重要通道。

而如果通过案件办理落实对商业秘密的行政保护措施，则需要针对商业秘密的特殊性，提供必要的强制措施来保证案件的证据取得和定性处理。1998年12月3日，国家工商行政管理局发布规定，修改《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》中超越《行政处罚法》规定处罚权限的内容，将《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第六条改为“对被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密将给权利人造成不可挽回的损失的，应权利人请求并,由权利人出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证,工商机关可以责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品”，取消了“扣留”当事人财物的权力。强制措施的运用对于商业秘密案件的调查取证工作至关重要,但目前的法律规定失之下软，一定程度上影响到实际执法的效果。

综上所述，在查处侵犯商业秘密案件的过程中,要正确把握商业秘密的内涵特征、违法主体及获取途径，在充分准备的基础上做好预案，抓住取证时机固定证据，保证调查取证顺利进行,从而使案件能够正确定性和处理。