共同体商标权覆盖了国内商标权有效的地域范围，两者在重叠领域出现的冲突问题，需要通过法律的选择适用来解决。原则上，对于商标纠纷，只能适用“权利登记地法”，①也即适用其产生所依据的法律。而涉及商标权的诉讼管辖，则和其他民事侵权诉讼一样，依民事诉讼规则向有管辖权的法院起诉，②即以“原告就被告”原则为准，或依当事人的意思，辅之以最密切联系原则确定，由与商标权有关的行为地法院管辖，如侵权行为地、原告所在地等。故对国内商标权适用国内法维持其效力，与其有关的侵权诉讼则只能在其注册国进行，也仅能保护该商标在此成员国领土范围内的使用。共同体商标权适用共同体法维持其效力，与其有关的侵权诉讼可以在欧盟的任何侵权行为地提出，其判决在整个欧盟范围内有效。

根据《商标条例》的规定，在欧盟范围内，由各成员国在其领土内指定若干个初审法院和上诉法院作为“共同体法院”，履行《商标条例》赋予的职能。协调局对侵权诉讼并没有司法处理权。有关共同体商标和申请共同体商标的诉讼程序，以及对共同体商标和国内商标同时或相继进行的诉讼，如无特别规定，应适用《民事和商事判决的管辖和执行公约》。

具体而言，共同体商标法院对下列诉讼享有专属管辖权：侵权诉讼；商标申请公告后商标权授予前对他人的非法使用提起的诉讼；对撤销共同体商标或宣布其无效提起的反诉等。管辖法院则可依当事人的意思，选用下面的约定：被告所在地；原告所在地；协调局所在地等。除此之外，诉讼双方当事人可以同意一个非上述管辖地的成员国法院有管辖权，或者，尽管一个共同体商标法院没有上述管辖权，但被告出庭应诉的，该法院即有管辖权。而诉讼程序，包括一审和二审程序，则依该法院所在国的国内商标同类诉讼的规则。若对同一侵权诉讼向不同成员国的法院起诉，一个根据共同体商标受理，一个根据国内商标受理，则适用“先受理原则”，即由最先受理的法院管辖，不是首先受理的法院应自行放弃有利于该法院的管辖权。对此有争议的，通常被要求放弃管辖权的法院中止其诉讼程序。当事人不服共同体商标一审法院对商标侵权案所作的判决，有权向共同体商标二审法院上诉，其条件由该法院所在国的国内法确定，上诉的国内规则也应适用于共同体商标二审法院做出的判决。

共同体商标法院在审理商标侵权案时，应适用欧盟法的规定。对欧盟法未包括的事宜，共同体商标法院应适用其国内法，包括国际私法。主要在下列情况下适用国内法：国内商标权人依其所在国法律，起诉侵犯其在先权(包括优先注册权、名称权、肖像权、版权、工业产权等)的共同体商标权人，要求其给予赔偿；如果国内商标权人根据其所在国的民事、行政或刑事法律，或者根据共同体法律的规定，可以禁止使用某共同体商标，则其所在国法律的适用应不受影响；仅适用于特殊地点的在先权利所有人，可以根据其所在国的法律，反对共同体商标在其领域内使用等。