行业协会自律行为对市场行为和市场结构影响既有上述积极的促进竞争的一面，同时又有限制、排除竞争的一面，因此，行业协会自律行为具有明显的两面性特征。现实中，比如，行业协会经常通过自律行为，限制企业的经济自由权，限制本行业企业进入与退出市场，妨碍竞争，扰乱市场竞争秩序，最终损害社会公共利益以及消费者利益。

首先，行业协会以行业自律名义，组织实施各类卡特尔行为，阻止行业内部各类竞争，为会员企业谋取利润。市场中行业自律有多种表现形式，比如，制定最低销售价格、统一价格上涨幅度与定价方法以及回扣、手续费、折扣等，设定基准价格、标准价格或目标价格等。行业协会经常以上述方式组织实施价格卡特尔行为，或者指导实施生产数量与销售数量卡特尔行为，同样达到固定价格、维持较高价格的效果。组织实施分割市场卡特尔行为也比较常见。有以客户类型或地域为依据,限制企业的经营范围，或分配经营份额，以避免会员企业在同一地域内展开竞争。除此之外，行业协会指令会员企业针对某一企业实施联合拒绝交易行为，或在某项政府采购活动中事先指定中标者，实施串通投标行为，以及在没有正当理由的情况下一致对外，实施差别待遇与歧视行为。差别待遇与歧视是对条件相同的交易对象给予差别性待遇或歧视的行为，以减少某些企业的交易机会，将竞争对手置于不利地位。差别待遇本来是企业的经济自由权，具有一定合理性。但是，当其目的是排除、限制竞争，剥夺竞争对手的交易机会时，则是一种反竞争行为。假若行业协会中实力会员企业操纵行业协会，对劣势的会员实行歧视性待遇，就会限制、排除某些会员企业的经营活动，损害该会员企业的利益。

其次，行业协会以行业自律名义阻止新企业进入市场。行业协会主要是通过制定歧视性的或不合理的市场准入条件，限制新企业进入本行业，以达到限制竞争之目的。比如，行业协会通过决议或规约，指定某一个或某几个企业提供产品与服务，排除其他同类竞争者。参与指定企业的经营活动，包括生产、销售、采购等，其实质上就是一种典型的行业准入限制。这种指定经营的方法，既损害了其他竞争者的经营权利，又损害了消费者的选择权。

在市场开放、自由的状态下，假如市场不存在准入的障碍或者准入门槛很低，那么，市场结构也会随时变化，新企业可任意进出，这无疑会对市场中的垄断行为形成冲击。因此，设置市场进入的障碍，实质上不仅增加市场主体的竞争成本，同时还产生了严重的反竞争效果。